Indexeringsoverwegingen - illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (76 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument
Tabel 1
Basebepalingen in 2-kanaalssequencing
Rood
Base
kanaal
A
1 (aan)
C
1 (aan)
G
0 (uit)
T
0 (uit)
Clusters die het filter passeren
Tijdens de run filtert RTA2 onbewerkte gegevens om bepalingen die niet voldoen aan de
drempelwaarde voor gegevenskwaliteit te verwijderen. Overlappende clusters en clusters van slechte
kwaliteit worden verwijderd.
Bij 2-kanaalsanalyse maakt RTA2 gebruik van een systeem op basis van populaties om de zuiverheid
van een basebepaling vast te stellen. De clusters passeren het filter (PF) als er niet meer dan 1
basebepaling in de eerste 25 cycli een zuiverheid van < 0,63 heeft. Clusters die het filter niet passeren,
zijn niet basebepaald.
Indexeringsoverwegingen
De procedure voor basebepaling-indexbepalingen is anders dan voor basebepaling tijdens andere
bepalingen.
Indexbepalingen moeten beginnen met ten minste 1 base anders dan G in een van de eerste 2 cycli. Als
een indexbepaling begint met 2 basebepalingen van G, wordt er geen signaalintensiteit gegenereerd. Er
moet een signaal aanwezig zijn in één van de eerste 2 cycli om demultiplexingprestatie te garanderen.
Om de kracht van demultiplexing te vergroten, moet u indexsequenties selecteren die signaal bieden in
ten minste 1 kanaal, bij voorkeur beide kanalen, voor elke cyclus. Door deze richtlijn te volgen worden
indexcombinaties vermeden die resulteren in uitsluitend G-basen in een cyclus.
–
Rood kanaal: A of C
–
Groen kanaal: A of T
Dit basebepalingsproces garandeert nauwkeurigheid bij het analyseren van low-plexmonsters.
Documentnr. 1000000009513 v08
VOOR GEBRUIK BIJ IN-VITRODIAGNOSTIEK.
Groen
Resultaat
kanaal
1 (aan)
Clusters die intensiteit in zowel het rode als het groene
kanaal vertonen.
0 (uit)
Clusters die alleen intensiteit in het rode kanaal
vertonen.
0 (uit)
Clusters die geen intensiteit vertonen op een bekende
clusterlocatie.
1 (aan)
Clusters die alleen intensiteit in het groene kanaal
vertonen.
73
Advertenties
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
