Realtime-Analyse; Overzicht Real-Time Analysis - illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (76 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument
Realtime-analyse
Overzicht Real-Time Analysis
NextSeq 550Dx-instrument gebruikt een implementatie van Realtime analyse (RTA)-software met de
naam RTA2. RTA2 draait op de instrumentcomputer en extraheert intensiteiten uit beelden, voert
basebepaling uit en wijst een kwaliteitsscore toe aan de basebepaling. RTA2 en de besturingssoftware
communiceren via een webgebaseerde HTTP-interface en gedeelde geheugenbestanden. Wanneer
RTA2 wordt beëindigd, wordt de verwerking niet hervat en worden de rungegevens niet opgeslagen.
RTA2 Inputs
RTA2 heeft de volgende input nodig voor verwerking:
Tegelbeelden in een lokaal systeemgeheugen.
•
RunInfo.xml dat automatisch aan het begin van de run wordt gegenereerd, bepaalt de runnaam,
•
het aantal cycli, of er een bepaling is geïndexeerd en het aantal tegels op de stroomcel.
RTA.exe.config, een softwareconfiguratiebestand in XML-opmaak.
•
RTA2 ontvangt commando's van de besturingssoftware over de locatie van RunInfo.xml en of er een
mogelijke uitvoermap is opgegeven.
RTA2-uitvoerbestanden
Beelden voor elk kanaal worden in het geheugen doorgelaten als tegels. Tegels zijn kleine
beeldvormingsgebieden op de stroomcel die door de camera worden gedefinieerd als het blikveld. Op
basis van deze beelden produceert de software uitvoer als een set op kwaliteit beoordeelde
basebepalingsbestanden en filterbestanden. Alle andere bestanden zijn ondersteunende
uitvoerbestanden.
Bestandstype
Basebepalingsbestanden
Filterbestanden
Documentnr. 1000000009513 v08
VOOR GEBRUIK BIJ IN-VITRODIAGNOSTIEK.
Beschrijving
Elke tegel die geanalyseerd wordt, wordt opgenomen in een
samengevoegd basebepalingsbestand (*.bcl.bgzf) voor elke baan
en voor elke cyclus. Het samengevoegde basebepalingsbestand
bevat de basebepaling en de bijbehorende kwaliteitsscore voor elk
cluster in die baan.
Elke tegel produceert filterinformatie die wordt samengevoegd in 1
filterbestand (*.filter) voor elke baan. Het filterbestand specificeert
of een cluster filters passeert.
69
Advertenties
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
