Download Inhoudsopgave Inhoud
Deel
Print deze pagina
  1. Handleidingen
  2. Merken
  3. illumina Handleidingen
  4. Laboratorium Apparatuur
  5. NextSeq 550Dx
  6. Gebruiksaanwijzing

illumina NextSeq 550Dx Gebruiksaanwijzing

Verberg thumbnails Zie ook voor NextSeq 550Dx:
Inhoudsopgave

Advertenties

Quick Links

Download deze handleiding
NextSeq 550Dx
Referentiegids van het instrument
Documentnr. 1000000009513 v07 NLD
Oktober 2021
BESTEMD VOOR IN-VITRODIAGNOSTIEK
BEDRIJFSEIGENDOM VAN ILLUMINA

Advertenties

Inhoudsopgave
loading

Gerelateerde Handleidingen voor illumina NextSeq 550Dx

Samenvatting van Inhoud voor illumina NextSeq 550Dx

  • Pagina 1 NextSeq 550Dx Referentiegids van het instrument Documentnr. 1000000009513 v07 NLD BEDRIJFSEIGENDOM VAN ILLUMINA Oktober 2021 BESTEMD VOOR IN-VITRODIAGNOSTIEK...
  • Pagina 2 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Dit document en de inhoud ervan zijn eigendom van Illumina, Inc. en haar dochterondernemingen ('Illumina'), en zijn alleen bedoeld voor contractueel gebruik door haar klanten in verband met het gebruik van de hierin beschreven producten en voor geen enkel ander doel. Dit document en de inhoud ervan mogen niet worden gebruikt of gedistribueerd voor welk ander doel dan ook en/of op een andere manier worden gecommuniceerd, geopenbaard of gereproduceerd zonder de voorafgaande schriftelijke toestemming van Illumina.

  • Pagina 3: Revisiegeschiedenis

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Revisiegeschiedenis Do cum ent Datum Om schrijving van w ijz ig ing Documentnr. Oktober Er is een luchtfiltercompartiment toegevoegd met 3 reservefilters. Stabiliteitslimiet van reagenscartridge gewijzigd. 1000000009513 v07 2021 Nieuwe bufferwascartridge toegevoegd aan de handmatige wassing.
  • Pagina 4 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Do cum ent Datum Om schrijving van w ijz ig ing Documentnr. Maart Informatie over de Illumina Proactive-monitoringservice toegevoegd in 1000000009513 v01 2018 het gedeelte Customize System Settings (Systeeminstellingen aanpassen). Instructies in het gedeelte Replace Air Filter (Luchtfilter vervangen) bijgewerkt.

  • Pagina 5: Inhoudsopgave

    Hoofdstuk 1 Overzicht Sequencingfuncties Extra hulpmiddelen Instrumentonderdelen Overzicht reagenskit Overzicht verbruiksartikelen sequencing Door de gebruiker geleverde verbruiksartikelen en apparatuur Hoofdstuk 2 NextSeq 550Dx-software Overzicht NextSeq 550Dx-software Overzicht Local Run Manager Gebruikerswachtwoorden Hoofdstuk 3 Aan de slag Het instrument opstarten Systeeminstellingen aanpassen...
  • Pagina 6 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Gebruikersbeheer Systeeminstellingen Module-instellingen Auditsporen Bijlage B Problemen oplossen Inleiding Systeemcontrole Probleemoplossingsbestanden Fouten bij automatische controle oplossen De bak voor gebruikte reagentia is vol RAID-foutmelding Netwerkopslagfout Systeeminstellingen configureren Bijlage C Realtime analyse Overzicht Real-Time Analysis Workflow Real-Time Analysis...

  • Pagina 7: Hoofdstuk 1 Overzicht

    On-instrument data analysis capability (Mogelijkheid van gegevensanalyse op instrument) – Met analysemodules van Local Run Manager-software die voor de run zijn gespecificeerd, kunnen rungegevens worden geanalyseerd. Dual Boot (Dubbel opstarten) – Het NextSeq 550Dx-instrument bevat afzonderlijke harde schijven die diagnostische (Dx) en onderzoeksmodi (RUO) ondersteunen. Extra hulpmiddelen Op de website van Illumina kan de volgende documentatie worden gedownload.

  • Pagina 8: Instrumentonderdelen

    Illumina om toegang te krijgen tot documentatie, softwaredownloads, online training en veelgestelde vragen. Instrumentonderdelen Het NextSeq 550Dx-instrument heeft een monitor met touchscreen, een statusbalk en 4 compartimenten. Afbeelding 1 Instrumentonderdelen A Beeldvormingscompartiment – Houdt de stroomcel vast tijdens een sequencing-run.
  • Pagina 9 Aan/uit-knop De aan/uit-knop aan de voorkant van de NextSeq 550Dx schakelt de voeding naar het instrument en de instrumentcomputer in. De aan/uit-knop voert de volgende acties uit, afhankelijk van de status van de instrumentvoeding. De NextSeq 550Dx start standaard op in de diagnostische modus.

  • Pagina 10: Overzicht Reagenskit

    LET OP Voor NextSeq 550Dx High Output Reagent v2.5-kits is NOS 1.3 of later vereist, zodat het instrument de v2.5 stroomcelcartridge kan accepteren. Voltooi software-updates voordat u monsters en verbruiksartikelen voorbereidt om verspilling van reagentia en/of monsters te voorkomen.
  • Pagina 11 Raadpleeg voor aanvullende informatie met betrekking tot milieu, gezondheid en veiligheid het veiligheidsinformatieblad op support.illumina.com/sds.html. Documentnr. 1000000009513 v07 NLD...
  • Pagina 12 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Gereserveerde reservoirs Afbeelding 5 Genummerde reservoirs Po sitie Om schrijving 7, 8 en 9 Gereserveerd voor optionele aangepaste primers Bibliotheken laden Verwijderbaar reservoir in positie nr. 6 De voorgevulde reagenscartridge bevat een denaturatiereagens op positie 6 dat formamide bevat. Om het veilig verwijderen van eventueel ongebruikt reagens na de run mogelijk te maken, is het reservoir in positie 6 verwijderbaar.

  • Pagina 13: Door De Gebruiker Geleverde Verbruiksartikelen En Apparatuur

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Overzicht bibliotheekverdunningsbuffer De bibliotheekverdunningsbuffer zit in de accessoiredoos van de NextSeq 550Dx. Gebruik de buffer indien nodig om de bibliotheken te verdunnen volgens de instructies voor bibliotheekvoorbereiding om de aanbevolen clusterdichtheid te bereiken. Door de gebruiker geleverde verbruiksartikelen en apparatuur De volgende verbruiksartikelen en apparaten worden gebruikt op het NextSeq 550Dx-instrument.

  • Pagina 14: Richtlijnen Voor Water Van Laboratoriumkwaliteit

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Richtlijnen voor water van laboratoriumkwaliteit Gebruik altijd water van laboratoriumkwaliteit of gedestilleerd water om de instrumentprocedures uit te voeren. Gebruik nooit kraanwater. Gebruik alleen water van de volgende kwaliteit of vergelijkbaar: Gedestilleerd water Illumina PW1 18 megohm (MΩ) water...

  • Pagina 15: Hoofdstuk 2 Nextseq 550Dx-Software

    NextSeq 550Dx Operating Software (NOS) – Bestuurt de werking van het instrument. De software is vooraf geïnstalleerd op de NextSeq 550Dx en draait op het instrument. De NOS voert de run uit volgens de parameters die zijn gespecificeerd in de softwaremodule Local Run Manager.

  • Pagina 16: Nos-Startscherm

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Statuspictogrammen Een statuspictogram in de rechterbovenhoek van de NOS geeft elke wijziging in de omstandigheden tijdens het instellen van de run of tijdens de run zelf aan. Statuspicto g ram Naam status Om schrijving Status OK Systeem werkt normaal.

  • Pagina 17: Overzicht Local Run Manager

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Sequence (Sequencen) – Selecteer om een sequencing-run te starten uit een voorgedefinieerde runlijst. Local Run Manager – Selecteer om Local Run Manager te starten, een run aan te maken, de runstatus te controleren, sequencing-gegevens te analyseren en resultaten te bekijken. Zie...

  • Pagina 18: Weergeven Op Een Netwerkcomputer

    Alleen beheerders kunnen NOS minimaliseren. Sequencing tijdens de analyse De computerbronnen van het NextSeq 550Dx-systeem zijn bedoeld voor ofwel sequencing ofwel analyse. Als er een nieuwe sequencing-run moet worden uitgevoerd op de NextSeq 550Dx voordat de secundaire analyse van een eerdere run is voltooid, kan de gebruiker de secundaire analyse annuleren vanuit Local Run Manager en vervolgens een nieuwe sequencing-run starten.

  • Pagina 19: Local Run Manager Icons (Pictogrammen Local Run Manager)

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument runs sorteren en filteren; runs aanmaken en bewerken; analyse stopzetten of opnieuw in de wachtrij plaatsen; analyseresultaten bekijken; runs verbergen; runs vastzetten; runmap beheren. Het dashboard geeft alle op het instrument uitgevoerde runs weer, met 10 runs per pagina. Gebruik de navigatiepijlen onderaan de lijst om door de pagina's te scrollen.
  • Pagina 20 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Picto g ram Naam Om schrijving Locked (Vergrendeld) Geeft aan dat de run gesequencet wordt of dat een andere gebruiker een run aan het bewerken is in een andere browsersessie. More options (Meer Opent de beschikbare opties voor een item op het dashboard. Afhankelijk van de opties) grootte van het scherm kunnen de stippen ronder lijken.

  • Pagina 21: Runs Filteren

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Runs filteren Selecteer een runstatuscategorie in de samenvatting van actieve runs om de pagina Active Runs (Actieve runs) als volgt te filteren: Ready (Klaar) – Filtert de lijst om alleen runs weer te geven die klaar zijn voor sequencing.

  • Pagina 22: Een Run Vastzetten

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Selecteer Save Run (Run opslaan) als u klaar bent. De datum waarop de run voor het laatst is aangepast, wordt bijgewerkt op de pagina Active Runs (Actieve runs). Een run vastzetten Vastgezette runs kunnen niet worden verwijderd of verborgen. Een run kan niet worden vastgezet als de run verborgen is of als de runmap verwijderd is.

  • Pagina 23: Mijn Account

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Gebruikerswachtwoorden Om toegang te krijgen tot de interface van Local Run Manager hebt u een geldige gebruikersnaam en een geldig wachtwoord nodig om op het systeem in te loggen. Alleen een administratieve gebruiker kan inloggegevens aan een gebruiker toewijzen.
  • Pagina 24 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument OPMERKING Afhankelijk van de grootte van het scherm waarop u de software bekijkt, kan het pictogram User (Gebruiker) onder More Options (Meer opties) worden weergegeven. In het vervolgkeuzemenu selecteert u My Account (Mijn account). Selecteer het pictogram Edit (Bewerken) in het gedeelte Password (Wachtwoord).

  • Pagina 25: Hoofdstuk 3 Aan De Slag

    Afbeelding 8 De aan/uit-knop op de voorkant van het instrument Wacht tot het besturingssysteem klaar is met laden. De NextSeq 550Dx-besturingssoftware (NOS) start op en het systeem wordt automatisch geïnitialiseerd. Als de initialisatiestap voltooid is, wordt het scherm Home (Start) geopend.

  • Pagina 26: Systeeminstellingen Aanpassen

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Modusindicatoren instrument De standaardmodus van de NextSeq 550Dx is de diagnostische modus. Het volgende op het NOS-scherm geeft de modus van het instrument aan. Mo dus Startscherm Richting K leurenbalk statuspicto g ram Diagnostische modus...

  • Pagina 27: Start Run En Prestatiegegevens Instrument Instellen

    Wanneer deze instelling is ingeschakeld, worden instrumentprestatiegegevens naar Illumina verzonden. Met behulp van deze gegevens kan Illumina problemen beter oplossen en mogelijke storingen detecteren voor een proactief onderhoud en maximale gebruiksduur van het instrument. Raadpleeg de Illumina Proactive technische handleiding (documentnr. 1000000052503) voor meer informatie over de voordelen van deze service.

  • Pagina 28: Opties Voor Opnieuw Opstarten En Uitschakelen

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Selecteer Save (Opslaan) om de instellingen op te slaan en terug te keren naar het scherm Manage Instrument (Instrument beheren). Opties voor opnieuw opstarten en uitschakelen U kunt de volgende functies openen door de knop Reboot / Shutdown (Opnieuw opstarten/Uitschakelen) te selecteren: Reboot to RUO (Opnieuw opstarten in RUO) –...

  • Pagina 29: Exit To Windows (Afsluiten En Naar Windows)

    Verplaats het instrument niet. Het verkeerd verplaatsen van het instrument kan invloed hebben op de optische uitlijning en kan de gegevensintegriteit in gevaar brengen. Als u het instrument moet verplaatsen, moet u contact opnemen met een vertegenwoordiger van Illumina. Exit to Windows (Afsluiten en naar Windows) De opdracht Exit to Windows (Afsluiten en naar Windows) geeft toegang tot het besturingssysteem van het instrument en elke map op de computer van het instrument.

  • Pagina 30: Hoofdstuk 4 Sequencing

    Automatische wassing na de run Inleiding Om een sequencing-run op het NextSeq 550Dx-instrument uit te voeren, bereidt u een reagenscartridge en stroomcel voor, en volgt u vervolgens de aanwijzingen van de software om de run in te stellen en te starten.

  • Pagina 31: Workflow Sequencing

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Workflow sequencing Maak de run aan in de Local Run Manager-softwaremodule. Zie de handleiding voor de analyseworkflow voor uw specifieke module. Prepareer een nieuwe reagenscartridge: ontdooien en inspecteren. Bereid een nieuwe stroomcel voor: op kamertemperatuur brengen, uitpakken en inspecteren.

  • Pagina 32: De Reagenscartridge Prepareren

    Voor aanwijzingen over het voorbereiden van monsterbibliotheken voor sequencing, inclusief bibliotheekverdunning en pooling, raadpleegt u het gedeelte in de gebruiksaanwijzing voor de betreffende bibliotheekpreparatiekit. Optimalisatie van de clusterdichtheid op de NextSeq 550Dx is vereist. Documentnr. 1000000009513 v07 NLD BESTEMD VOOR IN-VITRODIAGNOSTIEK...

  • Pagina 33: Bibliotheken Op De Reagenscartridge Laden

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Bibliotheken op de reagenscartridge laden Reinig de folieafdichting van reservoir nr. 10 met het label Load Library Here (Bibliotheek hier laden) met een niet-pluizende tissue. Prik de afdichting door met een schone pipetpunt van 1 ml.
  • Pagina 34 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 10 Verwijder de folieverpakking Open de doorzichtige plastic verpakking en neem de stroomcel eruit. Afbeelding 11 Verwijder de clamshellverpakking Reinig het glazen oppervlak van de stroomcel met een pluisvrij alcoholdoekje. Droog het glas af met een pluisarme labdoek.

  • Pagina 35: De Bak Voor Gebruikte Reagentia Legen

    Raadpleeg voor aanvullende informatie met betrekking tot milieu, gezondheid en veiligheid het veiligheidsinformatieblad op support.illumina.com/sds.html. Schuif de lege bak voor gebruikte reagentia in het buffercompartiment totdat deze niet verder kan.

  • Pagina 36: De Buffercartridge Plaatsen

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 14 Plaats de lege bak voor gebruikte reagentia De buffercartridge plaatsen Verwijder de gebruikte buffercartridge uit het bovenste compartiment. Er is enige kracht nodig om de buffercartridge op te tillen en eruit te trekken.
  • Pagina 37 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument WAARSCHUWING Deze set reagentia bevat mogelijk gevaarlijke chemicaliën. Inademen, inslikken en contact met de huid en met de ogen kunnen resulteren in persoonlijk letsel. Draag beschermende hulpmiddelen, met inbegrip van oogbescherming, handschoenen en een laboratoriumjas, passend bij het blootstellingsrisico.

  • Pagina 38: Pre-Runcontrole Beoordelen

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Druk op het doorzichtige plastic lipje en duw het naar links om het reservoir uit te werpen. Voer het reservoir af volgens de geldende normen. Pre-runcontrole beoordelen De software voert een automatische pre-runcontrole van het systeem uit. Tijdens de controle verschijnen de...

  • Pagina 39: Cycli Voor Runmeetwaarden

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 18 Voortgang en meetwaarden sequencing-run A Run progress (Voortgang run) – Toont de huidige stap en het aantal cycli dat is voltooid voor elke bepaling. De voortgangsbalk is niet evenredig aan de runsnelheid van elke stap. De geschatte datum en tijd van voltooiing van de run wordt onderaan weergegeven.

  • Pagina 40: Gegevensoverdracht

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Gegevensoverdracht Status Lo cal Run Manag er Uitvo erm ap Verbonden Verbonden en bezig met gegevensoverdracht Niet verbonden Uitgeschakeld Als de gegevensoverdracht tijdens de run wordt onderbroken, worden de gegevens tijdelijk opgeslagen op de computer van het instrument. Wanneer de verbinding is hersteld, wordt de gegevensoverdracht automatisch hervat.

  • Pagina 41: Tabblad Sequencing Information (Sequencing-Informatie)

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Gedeelte Om schrijving Total Clusters (Totaal Het aantal clusters in een run. aantal clusters) % Clusters PF Het percentage clusters dat het filter passeert. % ≥ Q30 (Read 1) (% ≥ Q30 Het percentage bepalingen in Read 1 (Bepaling 1) met een kwaliteitsscore van 30 (Q30) [Bepaling 1]) of hoger.

  • Pagina 42: Mogelijke Runstatussen

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Gedeelte Om schrijving Select Analysis (Analyse Een vervolgkeuzelijst van elke analyse die wordt uitgevoerd op de gegevens selecteren) gegenereerd van de sequencing-run. Telkens wanneer een analyse wordt uitgevoerd, wordt een opeenvolgend nummer toegewezen. De resultaten worden afzonderlijk weergegeven.

  • Pagina 43: Analyse Opnieuw In De Wachtrij Plaatsen Of Stoppen

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Analyse opnieuw in de wachtrij plaatsen of stoppen U kunt de analyse opnieuw in de wachtrij plaatsen nadat de analyse is stopgezet, als de analyse is mislukt of als u een run opnieuw wilt analyseren met andere instellingen. U kunt de analyse opnieuw in de wachtrij plaatsen vanaf het dashboard van Local Run Manager of vanaf het tabblad Sample and Results (Monster en resultaten).

  • Pagina 44: Automatische Wassing Na De Run

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Selecteer Run Overview (Runoverzicht). Selecteer het picogram Edit (Bewerken) en voer het nieuwe pad van de map in. Hoewel de locatie van het bestand kan worden gewijzigd, kunt u de naam van de uitvoermap niet wijzigen.

  • Pagina 45: Hoofdstuk 5 Onderhoud

    Preventief onderhoud Illumina adviseert elk jaar een preventieve onderhoudsbeurt te laten uitvoeren. Als u geen servicecontract heeft afgesloten kunt u contact opnemen met de accountmanager voor uw regio of met de technische ondersteuning van Illumina om een afspraak te maken voor een preventieve onderhoudsbeurt. Voor een dergelijke onderhoudsbeurt worden kosten in rekening gebracht.

  • Pagina 46: Prepareren Voor Een Handmatige Wassing Na De Run

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 19 Reagenswascartridge en bufferwascartridge originele stijl. Afbeelding 20 Reagenswascartridge en bufferwascartridge nieuwe stijl. Prepareren voor een handmatige wassing na de run Kies voor het voorbereiden van een handmatige wassing na de run zoals hieronder beschreven, of voor het voorbereiden van een snelle wassing (volgende gedeelte).

  • Pagina 47: Prepareren Voor Een Snelle Wassing

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Voeg 1 ml 0,12% NaOCl toe aan de reagenswascartridge. Het juiste reservoir komt overeen met positie nr. 28 van de voorgevulde cartridge. Afbeelding 21 NaOCl laden Combineer de volgende volumes om een wasoplossing van 0,05% Tween 20 te verkrijgen: Bufferwascartridge originele stijl 100% Tween 20 (62 µl)

  • Pagina 48: Start De Wassing

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Verwijder de bak voor gebruikte reagentia en gooi de inhoud weg volgens de geldende normen. WAARSCHUWING Deze set reagentia bevat mogelijk gevaarlijke chemicaliën. Inademen, inslikken en contact met de huid en met de ogen kunnen resulteren in persoonlijk letsel. Draag beschermende hulpmiddelen, met inbegrip van oogbescherming, handschoenen en een laboratoriumjas, passend bij het blootstellingsrisico.
  • Pagina 49 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument OPMERKING Het luchtfilter werkt niet goed als het achterstevoren zit. Zorg dat u het luchtfilter zo in de bak plaatst dat u de groene pijl omhoog kunt zien en dat u het waarschuwingsetiket niet kunt zien. De pijl moet in de richting van het handvat van de filterbak wijzen.

  • Pagina 50: Bijlage A Administratieve Instellingen En Taken Local Run Manager

    Edit NOS system settings (NOS-systeeminstellingen bewerken) – Staat bewerken van het NOS toe via het pictogram Manage Instrument (Instrument beheren) op het startscherm van het NextSeq 550Dx- instrument. Manage Local Run Manager system settings (Systeeminstellingen Local Run Manager beheren) – Stelt de beveiligingsparameters van het systeem, onderhoudsintervallen en serviceaccounts in.

  • Pagina 51: Gebruikersrechten

    OPMERKING Maak meer dan één admin-gebruikersaccount aan. Als de enige admin-gebruiker op het instrument is geblokkeerd, kan het instrument alleen worden ontgrendeld door de technische ondersteuning van Illumina. OPMERKING Afhankelijk van de grootte van het scherm waarop u de software bekijkt, kan het menu Tools (Hulpmiddelen) onder het menu in de linkerbovenhoek worden weergegeven.

  • Pagina 52: Gebruikerswachtwoord Ontgrendelen

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Selecteer de gebruikersrechten op basis van de gespecificeerde gebruikersrol. Selecteer Create User (Gebruiker aanmaken). Gebruikerswachtwoord opnieuw instellen Selecteer in de navigatiebalk van het dashboard het menu Tools (Hulpmiddelen) en selecteer vervolgens User Management (Gebruikersbeheer). Zoek de gebruikersnaam die u wilt bewerken en selecteer het pictogram Edit (Bewerken).

  • Pagina 53: Systeeminstellingen

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Systeeminstellingen Systeeminstellingen zijn globale parameters voor gebruikersbeveiliging en geautomatiseerd gegevensonderhoud. De instellingen voor gebruikersbeveiliging omvatten duur voor een wachtwoord afloopt, maximaal aantal loginpogingen en duur inactief voor time-out. De instellingen voor gegevensonderhoud omvatten automatische opschoning van inactieve runmappen en frequentie van databaseback-up evenals een opdracht voor onmiddelijke back-up van de database.

  • Pagina 54: Instellingen Van Een Systeemserviceaccount Specificeren

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument In het veld Backup Period (Back-upperiode) voert u de interval in dagen in tussen elke back-up. Om een onmiddellijke back-up aan te maken, selecteert u Backup Now (Nu back-up maken). Selecteer Save (Opslaan). Instellingen van een systeemserviceaccount specificeren Selecteer in de navigatiebalk van het dashboard het menu Tools (Hulpmiddelen) en selecteer vervolgens System Settings (Systeeminstellingen).

  • Pagina 55: Auditsporen Filteren

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument When (Wanneer), weergegeven als datum JJJJ-MM-DD en tijd in de 24-uursnotatie. Who (Wie), weergegeven door de gebruikersnaam die de handeling is begonnen. What (Wat), weergegeven door een korte, vooraf bepaalde beschrijving van de ondernomen handeling.

  • Pagina 56: Filteren Op Affected Item Category (Categorie Van Getroffen Item)

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Selecteer Filter (Filteren). Filteren op Affected Item Category (Categorie van getroffen item) Om op de categorie van het getroffen item te filteren, selecteert u het pictogram Category (Categorie) in het veld Affected Item (Getroffen item) en selecteert u een van de volgende opties: User (Gebruiker) –...

  • Pagina 57: Bijlage B Problemen Oplossen

    OPMERKING Als het instrument moet worden gewassen, moet de wasbeurt worden uitgevoerd voordat met de systeemcontrole wordt gestart. Het automatisch starten van een systeemcontrole sluit de besturingssoftware en lanceert de NextSeq 550Dx- servicesoftware (NSS). De servicesoftware wordt gestart en opent het scherm Load (Laden), dat is geconfigureerd om de geavanceerde laadoptie te gebruiken.

  • Pagina 58: Een Systeemcontrole Uitvoeren

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Een systeemcontrole uitvoeren Selecteer System Check (Systeemcontrole) vanuit het scherm Manage Instrument (Instrument beheren). Selecteer Yes (Ja) als u wordt gevraagd de NOS-software te sluiten. Laad de verbruiksartikelen als volgt: Plaats een gebruikte stroomcel als deze zich nog niet in het instrument bevindt.

  • Pagina 59: Fluïdicacontroles

    Probleemoplossingsbestanden Een vertegenwoordiger van de technische ondersteuning van Illumina kan vragen om kopieën van runspecifieke of scanspecifieke bestanden om problemen op te lossen. Doorgaans worden de volgende bestanden gebruikt voor het oplossen van problemen.

  • Pagina 60: Fouten Bij Automatische Controle Oplossen

    Controleer eerst het RTA-foutenlogboek, dat is opgeslagen in de map RTALogs (RTA-logboekbestanden), om problemen met RTA-fouten op te lossen. Dit bestand is niet aanwezig bij geslaagde runs. Voeg het foutenlogboek bij als u problemen meldt aan de technische ondersteuning van Illumina. Fouten bij automatische controle oplossen Als er fouten optreden tijdens de automatische controle, gebruik dan de volgende aanbevolen acties om de fout op te lossen.

  • Pagina 61: De Bak Voor Gebruikte Reagentia Is Vol

    Selecteer Continue (Doorgaan). De run wordt automatisch hervat. RAID-foutmelding De NextSeq 550Dx-computer is uitgerust met vier harde schijven, twee voor de diagnostische modus en twee voor de onderzoeksmodus. Als een harde schijf storing krijgt, genereert het systeem een RAID- foutmelding en wordt u verzocht contact op te nemen met de technische ondersteuning van Illumina.

  • Pagina 62: Systeeminstellingen Configureren

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Onvoldoende opslagruimte voor de uitvoermap – verhoog de hoeveelheid ruimte op het opslagapparaat of verplaats de uitvoermap naar een locatie met voldoende opslagruimte. Kan geen verbinding maken met netwerkopslag – controleer het pad naar de uitvoermap.
  • Pagina 63 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument OPMERKING De naam van de instrumentcomputer wordt bij de fabricage aan de instrumentcomputer toegewezen. Wijzigingen in de computernaam kunnen de connectiviteit beïnvloeden en er is een netwerkbeheerder voor nodig. Verbind de computer van het instrument als volgt met een domein of een werkgroep.

  • Pagina 64: Bijlage C Realtime Analyse

    Workflow Real-Time Analysis Overzicht Real-Time Analysis Het NextSeq 550Dx-instrument gebruikt een Real-Time Analysis (RTA)-software-implementatie genaamd RTA2. RTA2 wordt uitgevoerd op de instrumentcomputer en extraheert intensiteiten van beelden, voert een basebepaling uit en wijst een kwaliteitsscore toe aan de basebepaling. RTA2 en de besturingssoftware communiceren via een webgebaseerde HTTP-interface en gedeelde geheugenbestanden.

  • Pagina 65: Workflow Real-Time Analysis

    *WarningLog*.tsv bevat de waarschuwingen die tijdens een run zijn opgetreden. Universal Copy Service (Universele kopieerservice) De NextSeq 550Dx bevat een Universal Copy Service (Universele kopieerservice). RTA2 vraagt de service om bestanden te kopiëren vanaf een bronlocatie naar een doellocatie en de service verwerkt kopieerverzoeken in de volgorde waarin ze zijn ontvangen.

  • Pagina 66: Faseringscorrectie

    Basebepaling bepaalt een base (A, C, G of T) voor elk cluster van een bepaalde tegel in een specifieke cyclus. Het NextSeq 550Dx-instrument maakt gebruik van sequencing met 2 kanalen, waardoor slechts 2 beelden nodig zijn om de gegevens voor 4 DNA-basen te coderen, 1 van het rode kanaal en 1 van het groene kanaal.

  • Pagina 67: Doorlaatfilter Voor Clusters

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Tabel 1 Basebepalingen in tweekanaalssequencing Ro o d Gro en Base Resultaat kanaal kanaal 1 (aan) 1 (aan) Clusters die intensiteit in zowel het rode als het groene kanaal vertonen. 1 (aan) 0 (uit) Clusters die alleen intensiteit in het rode kanaal vertonen.
  • Pagina 68 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Voor de kwaliteitsscore wordt voor elke basebepaling een set voorspellers berekend en worden vervolgens de voorspellende waarden gebruikt om de Q-score in een kwaliteitstabel op te zoeken. De kwaliteitstabellen zijn opgesteld om optimaal nauwkeurige kwaliteitsvoorspellingen te doen voor runs die zijn gegenereerd door middel van een specifieke configuratie van sequentiëringplatform en chemieversie.

  • Pagina 69: Bijlage D Uitvoerbestanden En -Mappen

    Bijlage D Uitvoerbestanden en -mappen Sequencinguitvoerbestanden Structuur uitvoermap Sequencinguitvoerbestanden Bestandstype Bestandsbeschrijving , lo catie en naam Basebepalingsbestand Elke geanalyseerde tegel wordt opgenomen in een basebepalingsbestand, samengevoegd in 1 bestand voor elke baan, voor elke cyclus. Het samengevoegde bestand bevat de basebepaling en de gecodeerde kwaliteitsscore voor elke cluster van die baan.

  • Pagina 70: Nummering Banen

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Tabel 2 Stroomceltegels Ho g e Stro o m celo nderdelen Om schrijving uitvo er Banen Een baan is een fysiek kanaal met specifieke in- en uitvoerpoorten. Oppervlakken De stroomcel wordt afgebeeld op 2 oppervlakken, op de boven- en onderkant.

  • Pagina 71: Cameranummering

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Cameranummering Het NextSeq 550Dx-instrument gebruikt 6 camera's om de stroomcel af te beelden. Camera's zijn genummerd van 1 tot 6. De camera's 1 tot 3 maken beelden van baan 1. De camera's 4 tot 6 maken beelden van baan 3.

  • Pagina 72: Structuur Uitvoermap

    Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Structuur uitvoermap De besturingssoftware genereert automatisch de naam voor het uitvoerbestand. Gegevens Intensiteiten BaseCalls L001 – Basebepalingsbestanden voor baan 1, samengevoegd in 1 bestand per cyclus. L002 – Basebepalingsbestanden voor baan 2, samengevoegd in 1 bestand per cyclus.
  • Pagina 73 Index statusbalk 2 components aan/uit-knop 3, 19 beeldvormingscompartiment 2 aan/uit-schakelaar 19 configuratie-instellingen 56 administratieve instellingen en taken 44 analyse opnieuw in de wachtrij plaatsen 37 resultaten weergeven 34 documentatie 1, 71 uitvoerbestanden 63 door de gebruiker geleverde verbruiksartikelen 7 analyse opnieuw in de wachtrij plaatsen 37 doorlaatfilter (PF) 61 analyse, primair duur inactief voor time-out 47...
  • Pagina 74 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument help meetgegevens documentatie 1 clusterdichtheidscycli 33 herstarten 22 meetwaarden het instrument uitschakelen 22 basebepaling 60 hulp, technisch 71 intensiteitcycli 33 meetwaarden run 32 mijn account 17 monsters tabblad monsters en resultaten 35 Illumina Proactive-bewakingsservice 21...
  • Pagina 75 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument een run aanmaken 25 initialisatie 19 op het instrument 9 Q-scores 61 runduur 24, 26 schijfruimte controleren 9 software voor realtime analyse 9 fasering 60 workflow 59 RAID-foutmelding 55 Software voor realtime analyse reagenscartridge resultaten 63...
  • Pagina 76 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument verbruiksartikelen die door de gebruiker moeten worden geleverd 7 vorming van clusters 33 wachtwoord beheer 44 maken 45 ontgrendelen 46 opnieuw instellen 46 satussen 17 toegelaten pogingen 47 vervaldatum 47 wijzigen 17 wachtwoorden gebruiker 17...

  • Pagina 77: Technische Ondersteuning

    Zw itserland +41 565800000 +41 800200442 Overig e landen +44 1799 534 000 Veiligheidsinformatiebladen (SDS, safety data sheets) – verkrijgbaar op de website van Illumina via support.illumina.com/sds.html. Productdocumentatie – beschikbaar voor downloaden in pdf-vorm via support.illumina.com. Documentnr. 1000000009513 v07 NLD...
  • Pagina 78 +1 800 809 ILMN (4566) Level 3, 535 Elizabeth Street +1 858 202 4566 (buiten Noord-Amerika) Melbourne, VIC 3000 techsupport@illumina.com Australië www.illumina.com Illumina Netherlands B.V. Steenoven 19 5626 DK Eindhoven Nederland BESTEMD VOOR IN-VITRODIAGNOSTIEK © 2021 Illumina, Inc. Alle rechten voorbehouden.

Inhoudsopgave