illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (76 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Gerelateerde Handleidingen voor illumina NextSeq 550Dx
Samenvatting van Inhoud voor illumina NextSeq 550Dx
- Pagina 1 NextSeq 550Dx Referentiegids van het instrument BEDRIJFSEIGENDOM VAN ILLUMINA Documentnr. 1000000009513 v08 Mei 2023 VOOR GEBRUIK BIJ IN-VITRODIAGNOSTIEK.
- Pagina 2 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Dit document en de inhoud ervan zijn eigendom van Illumina, Inc. en haar dochterondernemingen (‘Illumina’) en zijn alleen bedoeld voor contractueel gebruik door haar klanten in verband met het gebruik van het/de hierin beschreven product(en) en voor geen enkel ander doel. Dit document en de inhoud ervan mogen niet zonder de voorafgaande schriftelijke toestemming van Illumina worden gebruikt of gedistribueerd voor welk ander doel dan ook en/of op een andere manier worden gecommuniceerd, geopenbaard of gereproduceerd.
-
Pagina 3: Revisiegeschiedenis
Revisiegeschiedenis Document Datum Omschrijving van wijziging Documentnr. Verwijzing toegevoegd naar optionele Illumina 2023 1000000009513 DRAGEN Server for NextSeq 550Dx met Illumina Run Manager. Onderdeelnummer luchtfilter bijgewerkt. Stabiliteitslimiet voor reagenscartridge bijgewerkt. Documentnr. Oktober Er is een luchtfiltercompartiment toegevoegd met 3 1000000009513 2021 reservefilters. - Pagina 4 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Document Datum Omschrijving van wijziging Documentnr. April 2020 Adres gemachtigde vertegenwoordiger voor de EU 1000000009513 bijgewerkt. Adres Australische sponsor bijgewerkt. Documentnr. Maart 2019 Informatie over v2.5 (75 cycli) reagenskits 1000000009513 toegevoegd. Documentnr. Januari Informatie over v2.5 (300 cycli) reagenskits...
- Pagina 5 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Document Datum Omschrijving van wijziging Documentnr. Maart 2018 Informatie over de Illumina Proactive- 1000000009513 bewakingsservice toegevoegd in het gedeelte Customize System Settings (Systeeminstellingen aanpassen). Instructies in het gedeelte Replace Air Filter (Luchtfilter vervangen) bijgewerkt. Verwijzingen naar bestanden met basebepalingen gewijzigd van *.bcl in *.bcl.bgzf om duidelijk te...
-
Pagina 6: Inhoudsopgave
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Inhoudsopgave Revisiegeschiedenis Overzicht Functies sequencing Aanvullende hulpbronnen Instrumentonderdelen Overzicht verbruiksartikelen sequencing Door de gebruiker geleverde verbruiksartikelen en apparatuur NextSeq 550Dx Software NextSeq 550Dx Softwareoverzicht Overzicht Local Run Manager Gebruikerswachtwoorden Aan de slag Het instrument opstarten... - Pagina 7 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Administratieve instellingen en taken Local Run Manager Inleiding Gebruikersbeheer Systeeminstellingen Module-instellingen Auditsporen Problemen oplossen Inleiding Systeemcontrole Probleemoplossingsbestanden Fouten bij automatische controle oplossen De bak voor gebruikte reagentia is vol RAID-foutmelding Netwerkopslagfout Systeeminstellingen configureren Realtime-analyse Overzicht Real-Time Analysis...
-
Pagina 8: Overzicht
Illumina DRAGEN Server for NextSeq 550Dx. De Illumina DRAGEN Server for NextSeq 550Dx is optioneel en alleen beschikbaar in bepaalde landen. Neem contact op met een vertegenwoordiger van Illumina voor regionale beschikbaarheid. Dual Boot (Dubbel opstarten) – De NextSeq 550Dx-instrument bevat afzonderlijke harde schijven •... -
Pagina 9: Instrumentonderdelen
(NCS) v4.0 of later. Softwarehandleiding Illumina Geeft informatie over het gebruik van optionele Illumina Run Manager voor NextSeq DRAGEN Server for NextSeq 550Dx met Illumina Run 550Dx (documentnr. Manager en beschikbare analyseopties. 200025239) Ga naar de NextSeq 550Dx-instrument-ondersteuningspagina op de website van Illumina om toegang te krijgen tot documentatie, softwaredownloads, online training en veelgestelde vragen. -
Pagina 10: Beeldvormingscompartiment
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument A. Beeldvormingscompartiment – Houdt de stroomcel vast tijdens een sequencing-run. B. Monitor met touchscreen – Maakt configuratie en installatie op het instrument mogelijk via de besturingssoftware-interface. C. Statusbalk – Geeft de instrumentstatus aan als aan het verwerken (blauw), aandacht nodig (oranje), klaar voor secquencing (groen), aan het initialiseren (afwisselend blauw en wit), nog niet geïnitialiseerd (wit) of er moet binnen de komende 24 uur een wassing worden gedaan... -
Pagina 11: Aan-Uitknop
Het luchtfilter vervangen op pagina Aan-uitknop De aan-uitknop aan de voorkant van de NextSeq 550Dx schakelt de voeding naar het instrument en de instrumentcomputer in. De aan-uitknop voert de volgende acties uit, afhankelijk van de status van de instrumentvoeding. De NextSeq 550Dx start standaard op in de diagnostische modus. -
Pagina 12: Overzicht Verbruiksartikelen Sequencing
Elke kit bevat één stroomcel, een reagenscartridge, een buffercartridge en een bibliotheekverdunningsbuffer. Raadpleeg voor meer informatie de bijsluiter NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycli) of NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (75 cycli) . - Pagina 13 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Overzicht stroomcel Afbeelding 3 Stroomcelcartridge A. Banenpaar A – Banen 1 en 3 B. Banenpaar B – Banen 2 en 4 C. Kader stroomcelcartridge De stroomcel is een glazen substraat waarop clusters worden gegenereerd en de sequencingreactie wordt uitgevoerd.
- Pagina 14 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument De reagenscartridge bevat een speciaal reservoir voor het laden van voorbereide bibliotheken. Zodra de run start, worden bibliotheken automatisch vanuit het reservoir naar de stroomcel gestuurd. Er zijn verschillende reservoirs gereserveerd voor de automatische wassing na de run. De wasoplossing wordt vanuit de buffercartridge naar de gereserveerde reservoirs gepompt, door het systeem geleid, en vervolgens naar de bak met gebruikte reagentia.
-
Pagina 15: Door De Gebruiker Geleverde Verbruiksartikelen En Apparatuur
één stroomcel. Afbeelding 6 Buffercartridge Overzicht bibliotheekverdunningsbuffer De bibliotheekverdunningsbuffer zit in de accessoiredoos van de NextSeq 550Dx. Gebruik de buffer indien nodig om de bibliotheken te verdunnen volgens de instructies voor bibliotheekvoorbereiding om de aanbevolen clusterdichtheid te bereiken. -
Pagina 16: Verbruiksartikelen Voor Onderhoud En Probleemoplossing
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Verbruiksartikelen voor onderhoud en probleemoplossing Verbruiksartikel Leverancier Doel NaOCl, 5% Sigma-Aldrich, catalogusnr. Handmatig het instrument wassen na (natriumhypochloriet) 239305 de run; verdund tot 0,12% (of gelijkwaardig van laboratoriumkwaliteit) Tween 20 Sigma-Aldrich, catalogusnr. Opties voor het handmatig wassen P7949 van het instrument;... -
Pagina 17: Nextseq 550Dx Software
NextSeq 550Dx Operating Software (NOS) – Regelt de werking van het instrument. – De software is vooraf geïnstalleerd op de NextSeq 550Dx en draait op het instrument. De NOS voert de run uit volgens de parameters die zijn gespecificeerd in de softwaremodule Local Run Manager. - Pagina 18 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Statuspictogrammen Een statuspictogram in de rechterbovenhoek van de NOS geeft elke wijziging in de omstandigheden tijdens het instellen van de run of tijdens de run zelf aan. Statuspictogram Naam status Beschrijving Status OK Systeem werkt normaal.
-
Pagina 19: Nos-Startscherm
Run Manager, wordt Illumina Run Manager weergegeven. Raadpleeg Softwarehandleiding Illumina Run Manager voor NextSeq 550Dx (documentnr. 200025239) voor meer informatie over het gebruik van Illumina Run Manager. Manage Instrument (Instrument beheren) – Selecteer om de systeeminstellingen te controleren, te •... -
Pagina 20: Weergeven Op Een Netwerkcomputer
De computerbronnen van het NextSeq 550Dx-systeem zijn bedoeld voor ofwel sequencing ofwel analyse. Als er een nieuwe sequencing-run moet worden uitgevoerd op de NextSeq 550Dx voordat de secundaire analyse van een eerdere run is voltooid, kan de gebruiker de secundaire analyse annuleren Documentnr. - Pagina 21 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument vanuit Local Run Manager en vervolgens een nieuwe sequencing-run starten. Om de door Local Run Manager uitgevoerde analyse opnieuw te starten, gebruikt u de functie Requeue (Opnieuw in de wachtrij plaatsen) op de interface van Local Run Manager nadat de nieuwe sequencing- Analyse run is voltooid.
- Pagina 22 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Runs vastzetten • Runmap beheren • Het dashboard geeft alle op het instrument uitgevoerde runs weer, met 10 runs per pagina. Gebruik de navigatiepijlen onderaan de lijst om door de pagina's te scrollen. Elke run in de lijst omvat een runnaam, analysemodule, runstatus en de datum van de laatste aanpassing van de run.
- Pagina 23 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Pictogram Naam Beschrijving Edit users Maakt het mogelijk om wachtwoorden en gebruikers te (Gebruikers bewerken. bewerken) Export (Exporteren) Commando om items te exporteren. Hide run (Run Verplaatst een run van de pagina met actieve runs naar de verbergen) pagina met verborgen runs.
- Pagina 24 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Pictogram Naam Beschrijving Zoeken Opent het zoekveld om te zoeken naar runnamen en monster-ID's. Afhankelijk van de grootte van het scherm, kan het pictogram onder het pictogram voor meer opties worden weergegeven. Filters tonen Toont filters.
- Pagina 25 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Runs verbergen en opnieuw weergeven Op de pagina Active Runs (Actieve runs) selecteert u het pictogram More Options (Meer opties) en vervolgens Hide (Verbergen). Wanneer u wordt gevraagd de handeling te bevestigen, selecteert u Hide (Verbergen).
- Pagina 26 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Vastgezette runs kunnen niet worden verwijderd of verborgen. Een run kan niet worden vastgezet als de run verborgen is of als de runmap verwijderd is. Op de pagina Active Runs (Actieve runs) klikt u op het pictogram More Options (Meer opties) naast een run.
-
Pagina 27: Gebruikerswachtwoorden
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Gebruikerswachtwoorden Om toegang te krijgen tot de interface van Local Run Manager hebt u een geldige gebruikersnaam en een geldig wachtwoord nodig om op het systeem in te loggen. Alleen een administratieve gebruiker kan inloggegevens aan een gebruiker toewijzen. -
Pagina 28: Uw Wachtwoord Wijzigen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Uw wachtwoord wijzigen In de navigatiebalk bovenaan de interface selecteert u het pictogram User (Gebruiker) vlak naast uw naam. OPMERKING Afhankelijk van de grootte van het scherm waarop u de software bekijkt, kan het pictogram User... -
Pagina 29: Aan De Slag
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Aan de slag Het instrument opstarten Zet de aan-uitschakelaar op positie I (aan). Afbeelding 7 De aan-uitschakelaar op de achterkant van het instrument Druk op de aan-uitknop boven het reagenscompartiment. De aan/uit-knop zet de voeding van het instrument aan en start de geïntegreerde instrumentcomputer en -software. -
Pagina 30: Systeeminstellingen Aanpassen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Modusindicatoren instrument De standaardmodus van de NextSeq 550Dx is de diagnostische modus. Het volgende op het NOS- scherm geeft de modus van het instrument aan. Richting Modus Startscherm Kleurenbalk statuspictogram Diagnostische modus Welcome to Blauw... -
Pagina 31: Optie Toetsenbord Instellen En Audio-Indicator
Wanneer deze instelling is ingeschakeld, worden instrumentprestatiegegevens naar Illumina verzonden. Met behulp van deze gegevens kan Illumina problemen beter oplossen en mogelijke storingen detecteren voor een proactief onderhoud en maximale gebruiksduur van het instrument. Raadpleeg de Illumina Proactive technische handleiding (documentnr. 1000000052503) voor meer informatie over de voordelen van deze service. -
Pagina 32: Opties Voor Opnieuw Opstarten En Uitschakelen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Selecteer Save (Opslaan) om de instellingen op te slaan en terug te keren naar het scherm Manage Instrument (Instrument beheren). Standaard uitvoermap instellen Zowel het Windows-account in Local Run Manager als het Windows-account op het besturingssysteem van het instrument vereisen toestemming om te lezen en schrijven naar de uitvoermap. -
Pagina 33: Opnieuw Opstarten In Ruo-Modus
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Opnieuw opstarten in RUO-modus Met het commando Reboot to RUO (Opnieuw opstarten in RUO) zet u de software in de onderzoeksmodus. De beheerder geeft de gebruiker toestemming om deze functie te gebruiken. Selecteer Manage Instrument (Instrument beheren). -
Pagina 34: Exit To Windows (Afsluiten En Naar Windows)
Verplaats het instrument niet . Het verkeerd verplaatsen van het instrument kan invloed hebben op de optische uitlijning en kan de gegevensintegriteit in gevaar brengen. Als u het instrument moet verplaatsen, neem dan contact op met uw Illumina vertegenwoordiger. Exit to Windows (Afsluiten en naar Windows) Het commando Exit to Windows (Afsluiten en naar Windows) geeft toegang tot het besturingssysteem van het instrument en elke map op de computer van het instrument. -
Pagina 35: Sequencing
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Sequencing Inleiding Om een sequencing-run op de NextSeq 550Dx-instrument uit te voeren, bereidt u een reagenscartridge en stroomcel voor, en volgt u vervolgens de aanwijzingen van de software om de run in te stellen en te starten. -
Pagina 36: Workflow Sequencing
Beoordeel de resultaten van de pre-runcontrole. Selecteer Start (Starten). (Niet vereist indien geconfigureerd om automatisch te starten). Bewaak de run vanuit de interface van de besturingssoftware of vanaf een netwerkcomputer met Local Run Manager of Illumina Run Manager. Er wordt automatisch een instrumentenwassing gestart wanneer de sequencing is voltooid. -
Pagina 37: Run Aanmaken
Hieronder vindt u instructies voor het gebruik van Local Run Manager. Voor instructies over het gebruik van Illumina Run Manager, inclusief hoe u kunt kiezen tussen Local Run Manager of Illumina Run Manager, raadpleegt u de Softwarehandleiding Illumina Run Manager voor NextSeq 550Dx (documentnr. -
Pagina 38: De Stroomcel Prepareren
Voor aanwijzingen over het voorbereiden van monsterbibliotheken voor sequencing, inclusief bibliotheekverdunning en pooling, raadpleegt u het gedeelte in de gebruiksaanwijzing voor de betreffende bibliotheekpreparatiekit. Optimalisatie van de clusterdichtheid op de NextSeq 550Dx is vereist. Laad de bibliotheken op de reagenscartridge Reinig de folieafdichting van reservoir 10 met het label Load Library Here (Bibliotheek hier laden) met een niet-pluizende tissue. -
Pagina 39: Een Sequencing-Run Instellen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 9 Bibliotheken laden Een sequencing-run instellen Een run selecteren Selecteer in het scherm Home (Start) Sequence (Sequencen). Selecteer een run uit de lijst. Voor informatie over het maken van een sequencing-run, zie de Local Run Manager Workflow op... -
Pagina 40: De Bak Voor Gebruikte Reagentia Legen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 11 Verwijder de clamshellverpakking Reinig het glazen oppervlak van de stroomcel met een pluisvrij alcoholdoekje. Droog het glas af met een niet-pluizende labdoek. OPMERKING Zorg ervoor dat het glasoppervlak van de stroomcel schoon is. Herhaal indien nodig de reinigingsstap. - Pagina 41 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 13 Verwijder de bak voor gebruikte reagentia OPMERKING Als u de bak verwijdert, plaats dan uw andere hand eronder ter ondersteuning. LET OP Deze set reagentia bevat mogelijk gevaarlijke chemicaliën. Inademen, inslikken en contact met de huid en de ogen kan persoonlijk letsel tot gevolg hebben.
-
Pagina 42: De Buffercartridge Plaatsen
Raadpleeg voor aanvullende informatie met betrekking tot milieu, gezondheid en veiligheid het veiligheidsinformatieblad op support.illumina.com/sds.html. OPMERKING Om het veilig verwijderen van ongebruikte reagentia mogelijk te maken, is het reservoir in positie 6 verwijderbaar. -
Pagina 43: Pre-Runcontrole Beoordelen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 16 De reagenscartridge laden Selecteer Load (Laden). De software brengt de cartridge automatisch in positie (~30 seconden), de ID van de reagenscartridge wordt op het scherm weergegeven en de sensoren worden gecontroleerd. Selecteer Next (Volgende). -
Pagina 44: De Run Starten
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Rood – De controle is niet geslaagd. Voor alle items die niet slagen, is een actie vereist voordat u • Fouten bij automatische controle oplossen op pagina verder kunt gaan. Zie Om een lopende automatische pre-runcontrole te stoppen, selecteert u de knop Cancel (Annuleren). -
Pagina 45: Cycli Voor Runmeetwaarden
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument A. Run progress (Voortgang run) – Toont de huidige stap en het aantal cycli dat is voltooid voor elke bepaling. De voortgangsbalk is niet evenredig aan de runsnelheid van elke stap. De geschatte datum en tijd van voltooiing van de run wordt onderaan weergegeven. -
Pagina 46: Gegevensoverdracht
Run- en monstergegevens bekijken Bekijk run- en monstergegevens met de runmanagersoftware die is gebruikt om de sequencing-run aan te maken. Raadpleeg de Softwarehandleiding Illumina Run Manager voor NextSeq 550Dx (documentnr. 200025239) om run- en monstergegevens te bekijken met Illumina Run Manager. -
Pagina 47: Sequencing Information (Sequencing-Informatie)
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Gedeelte Beschrijving Run Name / Run ID De runnaam die is toegewezen toen de run werd aangemaakt. (Runnaam/-ID) Created By De naam van de gebruiker die de run heeft aangemaakt. (Aangemaakt door) Beschrijving De beschrijving van de run, indien aanwezig. -
Pagina 48: Samples And Results (Monsters En Resultaten)
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Gedeelte Beschrijving Sequencing Start De datum en tijd waarop de sequencing-run is begonnen. (Start van de sequencing) RTA Version (RTA- De versie van de RTA-software die voor de run wordt gebruikt. versie) Module Version De versie van de analysemodule die aan de run is toegewezen. -
Pagina 49: Mogelijke Runstatussen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Mogelijke runstatussen De statuskolom op het dashboard geeft de status van elke run in de lijst weer. De volgende tabel beschrijft de mogelijke statussen van een run en de kleur van de statusbalk in de statuskolom. -
Pagina 50: Analyse Opnieuw In De Wachtrij Plaatsen Of Stopzetten
Softwarehandleiding Illumina Run Manager voor NextSeq 550Dx (documentnr. 200025239) om de analyse opnieuw in de wachtrij te plaatsen of stop te zetten met Illumina Run Manager. Zie hieronder om de analyse opnieuw in de wachtrij te plaatsen of stop te zetten met Local Run Manager. -
Pagina 51: Automatische Wassing Na De Run
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Selecteer Requeue (Opnieuw in de wachtrij plaatsen). De analyse wordt uitgevoerd met de • huidige analyseparameters. Locatie uitvoerrunmap wijzigen De locatie van de uitvoerrunmap kan worden gewijzigd voordat u een run opnieuw in de wachtrij plaatst. -
Pagina 52: Onderhoud
Preventief onderhoud Illumina adviseert u elk jaar een preventieve onderhoudsbeurt te laten uitvoeren. Als u geen servicecontract hebt afgesloten, kunt u contact opnemen met de accountmanager voor uw regio of met de technische ondersteuningsdienst van Illumina om een afspraak te maken voor een factureerbare preventieve onderhoudsbeurt. -
Pagina 53: Prepareren Voor Een Handmatige Wassing Na De Run
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Voor een handmatige wassing zijn de bij het instrument geleverde reagens- en bufferwascartridge en een gebruikte stroomcel nodig. Een gebruikte stroomcel kan tot 20 keer worden gebruikt voor de wassing van instrumenten. Afbeelding 19 Reagenswascartridge en bufferwascartridge originele stijl. -
Pagina 54: Prepareren Voor Een Snelle Wassing
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument OPMERKING Gebruik altijd een verse verdunning van NaOCl die binnen de afgelopen 24 uur is bereid. Als u meer dan 1 ml bereidt, bewaar de resterende verdunning dan bij 2 °C tot 8 °C voor gebruik binnen de komende 24 uur. Gooi anders de resterende verdunning van NaOCl weg. -
Pagina 55: Een Gebruikte Stroomcel En De Wascartridges Laden
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Verbruiksartikelen die door de gebruiker Hoeveelheid en beschrijving moeten worden geleverd 100% Tween 20 Gebruikt om 40 ml wasoplossing van 0,05% Tween 20 te maken Water van Geladen op bufferwascartridge (middelste reservoir) laboratoriumkwaliteit Combineer de volgende volumes om een wasoplossing van 0,05% Tween 20 te verkrijgen: •... -
Pagina 56: Het Luchtfilter Vervangen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Na de wassing Na de wassing blijven de zuigmondjes in de omlaaggerichte positie om te voorkomen dat er lucht in het systeem komt. Laat de cartridges zitten tot de volgende run. Het luchtfilter vervangen Er worden drie reserve luchtfilters meegeleverd bij nieuwe systemen. Deze moeten worden bewaard en gebruikt wanneer een verzoek van het instrument wordt ontvangen om het filter te vervangen. - Pagina 57 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 22 Plaatsen luchtfilter Documentnr. 1000000009513 v08 VOOR GEBRUIK BIJ IN-VITRODIAGNOSTIEK.
-
Pagina 58: Administratieve Instellingen En Taken Local Run Manager
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Administratieve instellingen en taken Local Run Manager Inleiding De volgende instellingen en taken vereisen administratieve gebruikersrechten: Manage user accounts (Gebruikersaccounts beheren) – Voegt gebruikers toe, wijst rechten toe en • stelt wachtwoorden in. Edit NOS system settings (Systeeminstellingen bewerken) – Staat bewerken van de NOS toe via •... -
Pagina 59: Gebruikersrechten
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument User role (Gebruikersrol) – Gebruikersrollen kunnen worden geconfigureerd op basis van een • subset van mogelijke rechten. Alle gebruikers kunnen runs aanmaken, ongeacht hun rechteninstellingen. Alleen administratieve gebruikers kunnen de pagina User Management (Gebruikersbeheer) bekijken. -
Pagina 60: Een Nieuwe Gebruiker Aanmaken
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Administratieve Recht Beschrijving Gebruikersrol Reboot to Research Use Schakel de software van Toegestaan Toegestaan, Only Mode (Opnieuw het instrument om naar indien opstarten in modus voor RUO-modus. geselecteerd onderzoeksdoeleinden) Auditsporen bekijken Auditsporen bekijken, Toegestaan Niet... -
Pagina 61: Gebruikerswachtwoord Ontgrendelen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Selecteer Update User (Gebruiker bijwerken). Gebruikerswachtwoord ontgrendelen Selecteer in de navigatiebalk van het dashboard het menu Tools (Hulpmiddelen) en selecteer vervolgens User Management (Gebruikersbeheer). Zoek de gebruikersnaam die u wilt bewerken en selecteer het pictogram Edit (Bewerken). -
Pagina 62: Veiligheidsinstellingen Van Het Systeem Specificeren
Om een back-uplocatie voor de database te specificeren, voert u het gewenste pad naar de back- uplocatie in. Als u een database wilt herstellen waarvan een back-up is gemaakt, neemt u contact op met de technische ondersteuningsdienst van Illumina. Documentnr. 1000000009513 v08... -
Pagina 63: Instellingen Van Een Systeemserviceaccount Specificeren
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument In het veld Backup Period (Back-upperiode) voert u de interval in dagen in tussen elke back-up. Om een onmiddellijke back-up aan te maken, selecteert u Backup Now (Nu back-up maken). Selecteer Save (Opslaan). Instellingen van een systeemserviceaccount specificeren Selecteer in de navigatiebalk van het dashboard het menu Tools (Hulpmiddelen) en selecteer vervolgens System Settings (Systeeminstellingen). -
Pagina 64: Auditsporen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Auditsporen Auditsporen registreren informatie over specifieke handelingen, zoals gebruikerstoegang, wijzigingen aan het gebruikersprofiel en wijzigingen aan het systeem, de run of de analyseparameters. Elk item van het auditspoor bevat de volgende informatie: When (Wanneer), weergegeven als datum JJJJ-MM-DD en tijd in de 24-uursnotatie. -
Pagina 65: Auditsporen Exporteren
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Selecteer Filter (Filteren). Filteren op handeling Voer een beschrijving van een handeling in het veld What (Wat) in. U kunt elk gewenst deel van een handeling invoeren. Asterisken (*) zijn niet vereist. Selecteer Filter (Filteren). - Pagina 66 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Pictogrammen Auditsporen Op het scherm Audit Trails (Auditsporen) worden de volgende pictogrammen gebruikt. Pictogram Naam Beschrijving Analyse Geeft een wijziging van de analyseparameters of analysestatus aan. Geeft een wijziging van de runparameters of runstatus aan.
-
Pagina 67: Problemen Oplossen
Bij een normale werking of normaal onderhoud van het instrument is een systeemcontrole niet vereist. Een vertegenwoordiger van de technische ondersteuningsdienst van Illumina kan u echter vragen om een systeemcontrole uit te voeren in verband met het oplossen van problemen. -
Pagina 68: Een Systeemcontrole Uitvoeren
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Een systeemcontrole uitvoeren Selecteer System Check (Systeemcontrole) vanuit het scherm Manage Instrument (Instrument beheren). Selecteer Yes (Ja) als u wordt gevraagd de NOS -software te sluiten. Laad de verbruiksartikelen als volgt: a. Plaats een gebruikte stroomcel als deze zich nog niet in het instrument bevindt. -
Pagina 69: Thermische Controles
Thermische sensoren die niet functioneren, leveren een negatieve waarde. Probleemoplossingsbestanden Een vertegenwoordiger van de technische ondersteuningsdienst van Illumina kan vragen om kopieën van runspecifieke of scanspecifieke bestanden om problemen op te lossen. Doorgaans worden de volgende bestanden gebruikt voor het oplossen van problemen. -
Pagina 70: Probleemoplossingsbestanden Voor Sequencing-Runs
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Probleemoplossingsbestanden voor sequencing-runs Hoofdbestand Omschrijving Runinformatiebestand Hoofdmap Bevat de volgende informatie: • Naam run (RunInfo.xml) • Aantal cycli in de run • Aantal cycli in elke bepaling • Of de bepaling een indexbepaling is •... -
Pagina 71: Fouten Bij Automatische Controle Oplossen
Selecteer Back (Terug) in de instellingsschermen voor de run om terug te keren naar de stroomcelstap en stel de runinstellingen opnieuw in. Vereiste software Essentiële componenten van de software ontbreken. Neem contact op met de technische ondersteuningsdienst van Illumina. Schijfruimte De harde schijf van het instrument beschikt niet over voldoende instrument schijfruimte om een run uit te voeren. -
Pagina 72: De Bak Voor Gebruikte Reagentia Is Vol
Reagensafgifte Aanbevolen handeling Ventielreactie Neem contact op met de technische ondersteuningsdienst van Illumina. Pomp Neem contact op met de technische ondersteuningsdienst van Illumina. Buffermechanisme Neem contact op met de technische ondersteuningsdienst van Illumina. -
Pagina 73: Leeg De Bak Voor Gebruikte Reagentia
Selecteer Continue (Doorgaan). De run wordt automatisch hervat. RAID-foutmelding De NextSeq 550Dx-computer is uitgerust met vier harde schijven, twee voor de diagnostische modus en twee voor de onderzoeksmodus. Als een harde schijf storing krijgt, genereert het systeem een RAID- foutmelding en wordt u verzocht contact op te nemen met de technische ondersteuningsdienst van Illumina. -
Pagina 74: Netwerkconfiguratie Instellen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Netwerkconfiguratie instellen Selecteer System Configuration (Systeemconfiguratie) vanuit het scherm Manage Instrument (Instrument beheren). Selecteer Obtain an IP address automatically (Automatisch een IP-adres verkrijgen) om het IP- adres via de DHCP-server te verkrijgen. OPMERKING Dynamic Host Configuration Protocol (DHCP) is een standaardnetwerkprotocol voor gebruik met IP-netwerken voor dynamische toewijzing van netwerkconfiguratieparameters. - Pagina 75 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Voor instrumenten die niet zijn verbonden met het internet – Selecteer Member of Work • Group (Lid van werkgroep) en voer vervolgens een werkgroepnaam in. De werkgroepnaam is uniek voor uw instelling Selecteer Save (Opslaan).
-
Pagina 76: Realtime-Analyse
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Realtime-analyse Overzicht Real-Time Analysis NextSeq 550Dx-instrument gebruikt een implementatie van Realtime analyse (RTA)-software met de naam RTA2. RTA2 draait op de instrumentcomputer en extraheert intensiteiten uit beelden, voert basebepaling uit en wijst een kwaliteitsscore toe aan de basebepaling. RTA2 en de besturingssoftware communiceren via een webgebaseerde HTTP-interface en gedeelde geheugenbestanden. -
Pagina 77: Foutafhandeling
• Universal Copy Service De NextSeq 550Dx bevat een Universal Copy Service. RTA2 vraagt de service om bestanden te kopiëren vanaf een bronlocatie naar een doellocatie en de service verwerkt kopieerverzoeken in de volgorde waarin ze zijn ontvangen. Als er een uitzondering optreedt, wordt het bestand opnieuw in de rij geplaatst voor kopiëren op basis van het aantal bestanden in de rij voor kopiëren. -
Pagina 78: Een Sjabloon Maken
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Basebepaling Bepaalt een basebepaling voor elke cluster. Kwaliteitsscore Wijst een kwaliteitsscore toe aan elke basebepaling. Een sjabloon maken De eerste stap in de RTA-workflow is het maken van een sjabloon, waarin de positie van elk cluster in een tegel wordt gedefinieerd met behulp van X- en Y-coördinaten. - Pagina 79 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 24 Fasering en prefasering A. Bepaling met een base die faseert B. Bepaling met een base die prefaseert. RTA2 corrigeert de effecten van fasering en prefasering, waardoor de gegevenskwaliteit tijdens elke cyclus van de run wordt gemaximaliseerd.
-
Pagina 80: Indexeringsoverwegingen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Tabel 1 Basebepalingen in 2-kanaalssequencing Rood Groen Base Resultaat kanaal kanaal 1 (aan) 1 (aan) Clusters die intensiteit in zowel het rode als het groene kanaal vertonen. 1 (aan) 0 (uit) Clusters die alleen intensiteit in het rode kanaal vertonen. - Pagina 81 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Kwaliteitsscore Een kwaliteitsscore, of Q-score, is een voorspelling van de kans op een onjuiste basebepaling. Een hogere Q-score duidt erop dat een basebepaling van een hogere kwaliteit is en daardoor waarschijnlijk juist is. De Q-score is een compacte manier om een kleine kans op fouten te communiceren. Kwaliteitsscores worden vermeld als Q(X), waarbij X de score is.
-
Pagina 82: Uitvoerbestanden En -Mappen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Uitvoerbestanden en -mappen Structuur uitvoermap De besturingssoftware genereert automatisch de naam voor het uitvoerbestand. Data Intensities BaseCalls L001 – Basebepalingsbestanden voor baan 1, samengevoegd in 1 bestand per cyclus. L002 – Basebepalingsbestanden voor baan 2, samengevoegd in 1 bestand per cyclus. -
Pagina 83: Sequencing-Uitvoerbestanden
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Sequencing-uitvoerbestanden Bestandstype Bestandsbeschrijving, locatie en naam Basebepalingsbestanden Elke geanalyseerde tegel wordt opgenomen in een basebepalingsbestand, samengevoegd in 1 bestand voor elke baan, voor elke cyclus. Het samengevoegde bestand bevat de basebepaling en de gecodeerde kwaliteitsscore voor elke cluster van die baan. -
Pagina 84: Stroomceltegels
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Bestandstype Bestandsbeschrijving, locatie en naam InterOp-bestanden Binaire rapportbestanden. InterOp-bestanden worden gedurende de run bijgewerkt. InterOp-map RTA-configuratiebestand Het RTA-configuratiebestand, dat aan het begin van de run wordt aangemaakt, bevat de instellingen voor de run. [Root folder], RTAConfiguration.xml... -
Pagina 85: Nummering Banen
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Nummering banen Banen 1 en 3, banenpaar A genoemd, worden tegelijkertijd afgebeeld. Banen 2 en 4, banenpaar B genoemd, worden afgebeeld als de beeldvorming van banenpaar A voltooid is. Afbeelding 26 Nummering banen A. Banenpaar A – Banen 1 en 3 B. -
Pagina 86: Nummering Tegels
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 28 Camera- en segmentnummering (Getoond wordt een stroomcel met hoge uitvoer) Nummering tegels Er bevinden zich 12 tegels in elke strook van elk camerasegment. De tegels zijn genummerd van 01 tot 12, ongeacht het strooknummer of camerasegment, en worden weergegeven in 2 cijfers. -
Pagina 87: Index
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Index een sjabloon maken 71 clusters die het filter passeren 73 compatibiliteit aan-uitknop 4, 22 RFID-tracering 5 aan-uitschakelaar 22 RFID-tracking 6 administratieve instellingen en taken 51 stroomcel, reagenscartridge 5 analyse componenten opnieuw in de wachtrij plaatsen 43... - Pagina 88 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument gebruikersnaam en wachtwoord systeem 22 gebruikersrechten verwijderen 54 klantenondersteuning 84 wijzigen 54 kuisheidsfilter 73 gebruikte reagentia bak vol 65 weggooien 33, 48 gegevens Local Run Manager back-upperiode 55 gebruikerswachtwoorden 20 gegevensoverdracht module-instellingen 56 universele kopieerservice 70...
- Pagina 89 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument online training 1 runduur 28, 30 opnieuw opstarten RunInfo.xml 63, 76-77 instrument 25-26 runmap onderzoeksmodus 26 locatie instellen 24-25 opnieuw opstarten in onderzoeksmodus 23 locatie wijzigen 44 opnieuw koppelen 19 uitvoer instellen 25 verwijderen 19...
- Pagina 90 Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument stroomcel banenparen 6 beeldvorming 78 wachtwoord nummering banen 78 aanmaken 53 nummering stroken 78 beheer 51 nummering tegels 79 ontgrendelen 54 overzicht 6 opnieuw instellen 53 reinigen 31 satussen 20 tegels 77 toegelaten pogingen 55...
-
Pagina 91: Technische Ondersteuning
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument Technische ondersteuning Voor technische ondersteuning neemt u contact op met Illumina Technische ondersteuningsdienst. Website: www.illumina.com E-mail: techsupport@illumina.com Veiligheidsinformatiebladen (SDS) — zijn verkrijgbaar op de website van Illumina via support.illumina.com/sds.html. Productdocumentatie — kan in pdf-formaat worden gedownload via support.illumina.com. - Pagina 92 Illumina Australia Pty Ltd +1 800 809 ILMN (4566) Nursing Association Building +1 858 202 4566 (buiten Noord-Amerika) Level 3, 535 Elizabeth Street techsupport@illumina.com Melbourne, VIC 3000 www.illumina.com Australië VOOR GEBRUIK BIJ IN-VITRODIAGNOSTIEK. © 2023 Illumina, Inc. Alle rechten voorbehouden.