illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Onderzoeksmodus
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (92 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
Gerelateerde Handleidingen voor illumina NextSeq 550Dx
Samenvatting van Inhoud voor illumina NextSeq 550Dx
- Pagina 1 Onderzoeksmodus NextSeq 550Dx Referentiegids van het instrument Documentnr.1000000041922 v03 NLD BEDRIJFSEIGENDOM VAN ILLUMINA Oktober 2021 Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
- Pagina 2 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Dit document en de inhoud ervan zijn eigendom van Illumina, Inc. en haar dochterondernemingen ('Illumina'), en zijn alleen bedoeld voor contractueel gebruik door haar klanten in verband met het gebruik van de hierin beschreven producten en voor geen enkel ander doel. Dit document en de inhoud ervan mogen niet worden gebruikt of gedistribueerd voor welk ander doel dan ook en/of op een andere manier worden gecommuniceerd, geopenbaard of gereproduceerd zonder de voorafgaande schriftelijke toestemming van Illumina.
- Pagina 3 Afbeelding in Een handmatige wassing uitvoeren bijgewerkt om nieuwe 1000000041922 v02 2020 reagenswascartridges en bufferwascartridges weer te geven. Statusbalkinformatie bijgewerkt met aanvullende kleuren. Documentnr. Maart 2018 Informatie over de Illumina Proactive-monitoringservice toegevoegd in 1000000041922 v01 het gedeelte Configure System Settings (Systeeminstellingen configureren). Documentnr. November Eerste uitgave.
-
Pagina 4: Inhoudsopgave
Inhoudsopgave Hoofdstuk 1 Overzicht Toelichting op deze handleiding Inleiding Extra hulpmiddelen Instrumentonderdelen Overzicht reagenskit Overzicht verbruiksartikelen sequencing Hoofdstuk 2 Aan de slag Het instrument opstarten Systeeminstellingen aanpassen Door de gebruiker geleverde verbruiksartikelen en apparatuur Hoofdstuk 3 Sequencing Inleiding Workflow sequencing De reagenscartridge prepareren De stroomcel prepareren Bibliotheken voorbereiden voor sequencing... - Pagina 5 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Workflow-rehybridisatie BeadChip- en scanfouten Aangepaste recepten en receptmappen RAID-foutmelding Systeeminstellingen configureren Bijlage B Realtime analyse Overzicht Real-Time Analysis Workflow Real-Time Analysis Bijlage C Uitvoerbestanden en -mappen Sequencinguitvoerbestanden Structuur uitvoermap Uitvoerbestanden scannen Structuur van de uitvoermap voor scans Index Technische ondersteuning Documentnr.1000000041922 v03 NLD...
-
Pagina 6: Hoofdstuk 1 Overzicht
® Data Analysis (Gegevensanalyse) – gebruik de BlueFuse Multi-software om array-gegevens te analyseren. Extra hulpmiddelen Op de website van Illumina kan de volgende documentatie worden gedownload. Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. Niet voor gebruik in diagnostische procedures. -
Pagina 7: Instrumentonderdelen
Illumina om toegang te krijgen tot documentatie, softwaredownloads, online training en veelgestelde vragen. Instrumentonderdelen Het NextSeq 550Dx-instrument heeft een monitor met touchscreen, een statusbalk en 4 compartimenten. Afbeelding 1 Instrumentonderdelen Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. -
Pagina 8: Beeldvormingscompartiment
Reagens- en buffercompartimenten Het instellen van een sequencing-run op het NextSeq 550Dx-instrument vereist toegang tot het reagenscompartiment en het buffercompartiment om runverbruiksartikelen te laden en de bak voor gebruikte reagentia te legen. -
Pagina 9: Nextseq 550Dx-Software
NCS opnieuw wordt opgestart. Aan-uitknop De aan-uitknop aan de voorkant van de NextSeq 550Dx schakelt de voeding naar het instrument en de instrumentcomputer in. De aan-uitknop voert de volgende acties uit, afhankelijk van de status van de instrumentvoeding. De NextSeq 550Dx start standaard op in de diagnostische modus. -
Pagina 10: Overzicht Reagenskit
Raadpleeg voor meer informatie de bijsluiter van de NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2 (300 cycli), NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (300 cycli) of NextSeq 550Dx High Output Reagent Kit v2.5 (75 cycli). -
Pagina 11: Labeling Betreffende Kitcompatibiliteit
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument LET OP Voor NextSeq 550Dx High Output Reagent v2.5-kits is NOS 1.3 of later vereist, zodat het instrument de v2.5 stroomcelcartridge kan accepteren. Voltooi software-updates voordat u monsters en verbruiksartikelen voorbereidt om verspilling van reagentia en/of monsters te voorkomen. - Pagina 12 Behandel gebruikte reagentia als chemisch afval en voer deze af in overeenstemming met de geldende regionale, nationale en lokale wet- en regelgeving. Raadpleeg voor aanvullende informatie met betrekking tot milieu, gezondheid en veiligheid het veiligheidsinformatieblad op support.illumina.com/sds.html. Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden.
- Pagina 13 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Gereserveerde reservoirs Afbeelding 6 Genummerde reservoirs Positie Omschrijving 7, 8 en 9 Gereserveerd voor optionele aangepaste primers Bibliotheken laden Verwijderbaar reservoir in positie nr. 6 De voorgevulde reagenscartridge bevat een denaturatiereagens op positie 6 dat formamide bevat. Om het veilig verwijderen van eventueel ongebruikt reagens na de run mogelijk te maken, is het reservoir in positie 6 verwijderbaar.
-
Pagina 14: Hoofdstuk 2 Aan De Slag
Hoofdstuk 2 Aan de slag Het instrument opstarten Systeeminstellingen aanpassen Door de gebruiker geleverde verbruiksartikelen en apparatuur Het instrument opstarten Zet de aan-uitschakelaar op positie I (aan). Afbeelding 8 De aan-uitschakelaar op de achterkant van het instrument Druk op de aan-uitknop boven het reagenscompartiment. De aan-uitknop zet de voeding van het instrument aan en start de geïntegreerde instrumentcomputer en -software. -
Pagina 15: Systeeminstellingen Aanpassen
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Modusindicatoren instrument De standaardmodus van de NextSeq 550Dx is de diagnostische modus. Het volgende op het NCS- scherm geeft de modus van het instrument aan. Modus Startscherm Kleurenbalk Richting statuspictogram Diagnostische modus Welcome to NextSeqDx Blauw Horizontaal... -
Pagina 16: Opties Voor Runinstallatie Instellen
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Wanneer bepaalde fouten optreden Wanneer interactie van de gebruiker vereist is Wanneer een run is voltooid Selecteer Save (Opslaan) om instellingen op te slaan en advance (ga verder) naar het volgende scherm. Opties voor runinstallatie instellen Selecteer System Customization (Aanpassing systeem) vanuit het scherm Manage Instrument (Instrument beheren). -
Pagina 17: Verbruiksartikelen Voor Onderhoud En Probleemoplossing
Algemene leverancier van Het instrument wassen (handmatig wassen) laboratoriumkwaliteit laboratoriumbenodigdheden Luchtfilter Illumina, catalogusnr. Reinigen van de lucht die het instrument binnenlaat voor 20022240 koeling Richtlijnen voor water van laboratoriumkwaliteit Gebruik altijd water van laboratoriumkwaliteit of gedestilleerd water om de instrumentprocedures uit te voeren. -
Pagina 18: Hoofdstuk 3 Sequencing
Automatische wassing na de run Inleiding Om een sequencing-run op het NextSeq 550Dx-instrument uit te voeren, bereidt u een reagenscartridge en stroomcel voor, en volgt u vervolgens de aanwijzingen van de software om de run in te stellen en te starten. -
Pagina 19: Workflow Sequencing
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Workflow sequencing Maak de run aan in de Local Run Manager-softwaremodule. Zie de handleiding voor de analyseworkflow voor uw specifieke module. Prepareer een nieuwe reagenscartridge: ontdooien en inspecteren. Bereid een nieuwe stroomcel voor: op kamertemperatuur brengen, uitpakken en inspecteren. Denatureer en verdun bibliotheken. -
Pagina 20: De Stroomcel Prepareren
Voor aanwijzingen over het voorbereiden van monsterbibliotheken voor sequencing, inclusief bibliotheekverdunning en pooling, raadpleegt u het gedeelte in de gebruiksaanwijzing voor de betreffende bibliotheekpreparatiekit. Optimalisatie van de clusterdichtheid op de NextSeq 550Dx is vereist. Bibliotheken denatureren en verdunnen Denatureer en verdun uw bibliotheken tot een laadvolume van 1,3 ml en een laadconcentratie van 1,8 pM. -
Pagina 21: Een Sequencing-Run Instellen
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Laad 1,3 ml geprepareerde bibliotheken in reservoir nr. 10 met het label Load Library Here (Bibliotheek hier laden). Raak de folie niet aan bij het dispenseren van de bibliotheken. Afbeelding 10 Bibliotheken laden Een sequencing-run instellen Aanmelden bij BaseSpace Voer uw gebruikersnaam en wachtwoord voor BaseSpace in. -
Pagina 22: De Bak Voor Gebruikte Reagentia Legen
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 12 Verwijder de clamshellverpakking Reinig het glazen oppervlak van de stroomcel met een pluisvrij alcoholdoekje. Droog het glas af met een pluisarm labdoek. OPMERKING Zorg ervoor dat het glasoppervlak van de stroomcel schoon is. Herhaal indien nodig de reinigingsstap. - Pagina 23 Behandel gebruikte reagentia als chemisch afval en voer deze af in overeenstemming met de geldende regionale, nationale en lokale wet- en regelgeving. Raadpleeg voor aanvullende informatie met betrekking tot milieu, gezondheid en veiligheid het veiligheidsinformatieblad op support.illumina.com/sds.html. Schuif de lege bak voor gebruikte reagentia in het buffercompartiment totdat deze niet verder kan.
-
Pagina 24: De Buffercartridge Plaatsen
Raadpleeg voor aanvullende informatie met betrekking tot milieu, gezondheid en veiligheid het veiligheidsinformatieblad op support.illumina.com/sds.html. OPMERKING Om het veilig verwijderen van ongebruikte reagentia mogelijk te maken, is het reservoir in positie 6 verwijderbaar. -
Pagina 25: Runparameters Specificeren
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 17 De reagenscartridge laden Selecteer Load (Laden). De software brengt de cartridge automatisch in positie (~30 seconden), de ID van de reagenscartridge wordt op het scherm weergegeven en de sensoren worden gecontroleerd. Selecteer Next (Volgende). Gebruikt reservoir uit positie 6 verwijderen Nadat u de gebruikte reagenscartridge uit het instrument hebt verwijderd, verwijdert u de rubberen bescherming over de gleuf naast positie nr. -
Pagina 26: Beschikbare Run Selecteren (Basespace-Configuratie)
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Beschikbare run selecteren (BaseSpace-configuratie) Selecteer een runnaam uit de lijst van beschikbare runs. Gebruik de pijlen omhoog en omlaag om de lijst door te bladeren of voer in het Search-veld (Zoeken) een runnaam in. Selecteer Next (Volgende). Bevestig de runparameters. -
Pagina 27: Pre-Runcontrole Beoordelen
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument [Optioneel] Selecteer de knop Advanced Settings (Geavanceerde instellingen) om de runparameters aan te passen. Selecteer een recept uit het vervolgkeuzemenu Recipe (Recept). Alleen compatibele recepten worden in de lijst vermeld. Locatie uitvoermap – wijzig de locatie van de uitvoermap voor de huidige run. Selecteer Browse (Bladeren) om naar een netwerklocatie te navigeren. -
Pagina 28: De Voortgang Van De Run Bewaken
Universal Copy Service (Universele kopieerservice) De NextSeq 550Dx bevat een Universal Copy Service (Universele kopieerservice). RTA2 vraagt de service om bestanden te kopiëren vanaf een bronlocatie naar een doellocatie en de service verwerkt kopieerverzoeken in de volgorde waarin ze zijn ontvangen. Als er een uitzondering optreedt, wordt het bestand opnieuw in de rij geplaatst voor kopiëren op basis van het aantal bestanden in de rij voor... -
Pagina 29: Sequencing Analysis Viewer
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Sequencing Analysis Viewer De Sequencing Analysis Viewer-software toont meetgegevens voor de sequentiëring die tijdens de run zijn gegenereerd. Meetgegevens verschijnen in de vorm van diagrammen, grafieken en tabellen op basis van de gegevens die door RTA zijn gegenereerd en zijn weggeschreven naar InterOp-bestanden. Meetgegevens worden geüpdatet naargelang de run vordert. -
Pagina 30: Hoofdstuk 4 Scannen
De DMAP-map bevat informatie die de bead-locaties identificeert op de BeadChip en het met elke bead geassocieerde signaal kwantificeert. Een DMAP-map is uniek voor elke BeadChip-barcode. Met het hulpprogramma Bestanddecoderingsclient kunt u DMAP-mappen rechtstreeks van de Illumina- servers downloaden via het standaard HTTP-protocol. -
Pagina 31: Scanworkflow
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Clusterbestanden – clusterbestanden beschrijven de clusterposities voor de genotyperings-array van Illumina en worden bij het analyseren van gegevens gebruikt om het genotype te bepalen. Clusterbestanden gebruiken de *.egt-bestandsindeling. De locatie van de bestanden is gespecificeerd in het BeadChip-scanconfiguratiescherm. Selecteer Manage Instrument (Instrument beheren), System Configuration (Systeemconfiguratie) en dan BeadChip Scan Configuration (BeadChip-scanconfiguratie) vanuit het NCS-startscherm. -
Pagina 32: Toegang Tot Dmap-Map Via Beadchip
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Voer de vereiste informatie in. Navigeer naar de DMAP-map die u wilt downloaden. Zorg ervoor dat u voldoende beschikbare ruimte hebt op de downloadbestemming. Start de download. Bekijk de downloadstatus in het tabblad Download Status and Log (Downloadstatus en -log). -
Pagina 33: Een Scan Instellen
Behandel gebruikte reagentia als chemisch afval en voer deze af in overeenstemming met de geldende regionale, nationale en lokale wet- en regelgeving. Raadpleeg voor aanvullende informatie met betrekking tot milieu, gezondheid en veiligheid het veiligheidsinformatieblad op support.illumina.com/sds.html. Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. -
Pagina 34: De Beadchip-Adapter Laden
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Verwijder de stroomcel uit het beeldvormingscompartiment. Sluit de deuren van het reagens- en buffercompartiment. De BeadChip-adapter laden Gebruik de uitlijnpennetjes om de BeadChip-adapter op het platform te positioneren. Afbeelding 22 De BeadChip-adapter laden Selecteer Load (Laden). Het klepje sluit automatisch, de BeadChip-ID verschijnt op het scherm en de sensoren worden gecontroleerd. -
Pagina 35: Start De Scan
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Rood – De controle is niet geslaagd. Voor alle items die niet slagen, is een actie vereist voordat u verder kunt gaan. Zie Fouten bij automatische controle oplossen op pagina 42. Om een lopende automatische pre-runcontrole te stoppen, selecteert u de knop Cancel (Annuleren). Selecteer de knop Retry (Opnieuw proberen) om de controle opnieuw te starten. - Pagina 36 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument OPMERKING Beëindiging van een scan is definitief. Als u de scan beëindigt voordat de scan is voltooid, worden de scangegevens niet opgeslagen. Gegevensoverdracht Als de scan is voltooid, worden gegevens in de wachtrij voor overdracht naar de scanuitvoermap geplaatst.
- Pagina 37 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
-
Pagina 38: Hoofdstuk 5 Onderhoud
Preventief onderhoud Illumina adviseert elk jaar een preventieve onderhoudsbeurt te laten uitvoeren. Als u geen servicecontract heeft afgesloten kunt u contact opnemen met de accountmanager voor uw regio of met de technische ondersteuning van Illumina om een afspraak te maken voor een preventieve onderhoudsbeurt. Voor een dergelijke onderhoudsbeurt worden kosten in rekening gebracht. -
Pagina 39: Prepareren Voor Een Handmatige Wassing Na De Run
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Afbeelding 24 Reagenswascartridge en bufferwascartridge originele stijl. Afbeelding 25 Reagenswascartridge en bufferwascartridge nieuwe stijl. Prepareren voor een handmatige wassing na de run Kies voor het voorbereiden van een handmatige wassing na de run zoals hieronder beschreven, of voor het voorbereiden van een snelle wassing (volgende gedeelte). -
Pagina 40: Prepareren Voor Een Snelle Wassing
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Voeg 1 ml 0,12% NaOCl toe aan de reagenswascartridge. Het juiste reservoir komt overeen met positie nr. 28 van de voorgevulde cartridge. Afbeelding 26 NaOCl laden Combineer de volgende volumes om een wasoplossing van 0,05% Tween 20 te verkrijgen: Bufferwascartridge originele stijl 100% Tween 20 (62 µl) Water van laboratoriumkwaliteit (125 ml) -
Pagina 41: Start De Wassing
Raadpleeg voor aanvullende informatie met betrekking tot milieu, gezondheid en veiligheid het veiligheidsinformatieblad op support.illumina.com/sds.html. Schuif de lege bak voor gebruikte reagentia in het buffercompartiment totdat deze niet verder kan. -
Pagina 42: Software-Updates
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument OPMERKING Het luchtfilter werkt niet goed als het achterstevoren zit. Zorg dat u het luchtfilter zo in de bak plaatst dat u de groene pijl omhoog kunt zien en dat u het waarschuwingsetiket niet kunt zien. De pijl moet in de richting van het handvat van de filterbak wijzen. -
Pagina 43: Automatische Software-Update
OPMERKING Als er een firmware-update is inbegrepen, zal het systeem automatisch opnieuw moeten opstarten nadat de firmware is geüpdatet. Handmatige software-update Download de System Suite-installatiemodule van de Illumina-website en sla deze op in een netwerklocatie. U kunt ook het software-installatiebestand kopiëren naar een draagbare USB-schijf. -
Pagina 44: Opties Voor Opnieuw Opstarten En Uitschakelen
Verplaats het instrument niet. Het verkeerd verplaatsen van het instrument kan invloed hebben op de optische uitlijning en kan de gegevensintegriteit in gevaar brengen. Als u het instrument moet verplaatsen, moet u contact opnemen met een vertegenwoordiger van Illumina. Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. -
Pagina 45: Afsluiten En Naar Windows
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Afsluiten en naar Windows De opdracht Exit to Windows (Afsluiten en naar Windows) geeft toegang tot het besturingssysteem van het instrument en elke map op de computer van het instrument. Het commando sluit de software veilig af en keert terug naar Windows. -
Pagina 46: Bijlage A Problemen Oplossen
Technische ondersteuning op pagina 69. Probleemoplossingsbestanden Een vertegenwoordiger van de technische ondersteuning van Illumina kan vragen om kopieën van runspecifieke of scanspecifieke bestanden om problemen op te lossen. Doorgaans worden de volgende bestanden gebruikt voor het oplossen van problemen. Probleemoplossingsbestanden voor sequencing-runs... -
Pagina 47: Probleemoplossingsbestanden Voor Array-Scans
Selecteer in het scherm run setup (Runinstellingen) Back (Terug) om terug te keren naar de laadstap en stel de runinstellingen opnieuw in. Vereiste software Essentiële componenten van de software ontbreken. Neem contact op met de technische ondersteuning van Illumina. Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. Niet voor gebruik in diagnostische procedures. -
Pagina 48: Controles Voor Array-Scans
Ruimte netwerkschijf De netwerkserver is vol. Temperatuur Aanbevolen actie Temperatuur Neem contact op met de technische ondersteuning van Illumina. Temperatuursensoren Neem contact op met de technische ondersteuning van Illumina. Ventilatoren Neem contact op met de technische ondersteuning van Illumina. Beeldvormingssysteem... -
Pagina 49: De Bak Voor Gebruikte Reagentia Is Vol
Ruimte netwerkschijf De BaseSpace-account of de netwerkserver is vol. Beeldvormingssysteem Aanbevolen actie Beperkingen in de Neem contact op met de technische ondersteuning van Illumina. beeldvorming Z Steps-and-Settle Neem contact op met de technische ondersteuning van Illumina. Bitfoutpercentage Neem contact op met de technische ondersteuning van Illumina. -
Pagina 50: Punten Om Een Run Op Te Beëindigen Voor Rehybridisatie
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Omzeilt de automatische wassing na de run. Als u een rehybridisatierun start, voert de software de volgende stappen uit om de run te doen: Creëert een runmap op basis van een unieke runnaam. Controleert dat de rehybridisatiedatum van de stroomcel niet is verlopen. Zet de reagentia klaar. -
Pagina 51: Een Nieuwe Run Prepareren Op Het Tabblad Basespace Prep (Voorbereiding Basespace)
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Een nieuwe run prepareren op het tabblad BaseSpace Prep (Voorbereiding BaseSpace) Als het instrument is geconfigureerd voor BaseSpace of BaseSpace Onsite, prepareert u een nieuwe run op het tabblad Prep (Voorbereiding) met dezelfde parameters als de oorspronkelijke run. TIP Klik op het tabblad Pools, selecteer de juiste pool-ID om de instellingen van de vorige run te behouden en wijs vervolgens een unieke naam toe aan de nieuwe run. -
Pagina 52: Manifestbestanden En Clusterbestanden Vervangen
Genereert uitvoerbestanden in een nieuwe uitvoermap. Verhoogt de scanteller met 1 afhankelijk van de scantelling bij de laatste herscan. Manifestbestanden en clusterbestanden vervangen Ga naar de ondersteuningspagina van Illumina (support.illumina.com) voor de BeadChip die u gebruikt en klik op het tabblad Downloads. -
Pagina 53: Aangepaste Recepten En Receptmappen
Wash (Was) – bevat het recept voor handmatig wassen. RAID-foutmelding De NextSeq 550Dx-computer is uitgerust met vier harde schijven, twee voor de diagnostische modus en twee voor de onderzoeksmodus. Als een harde schijf storing krijgt, genereert het systeem een RAID- foutmelding en wordt u verzocht contact op te nemen met de technische ondersteuning van Illumina. -
Pagina 54: Analyseconfiguratie Instellen
Selecteer een van de volgende opties om een locatie te specificeren waar de gegevens naar worden overgedragen voor de daaropvolgende analyse. Selecteer BaseSpace om de sequentiegegevens naar Illumina BaseSpace te versturen. [Optioneel] Selecteer het selectievakje voor de Output Folder (Uitvoermap), selecteer Browse (Bladeren) en navigeer naar een secundaire netwerklocatie om naast BaseSpace ook BCL-bestanden op te slaan. -
Pagina 55: Beadchip-Scanconfiguratie
Wanneer deze instelling is ingeschakeld, worden instrumentprestatiegegevens naar Illumina verzonden. Met behulp van deze gegevens kan Illumina problemen beter oplossen en mogelijke storingen detecteren voor een proactief onderhoud en maximale gebruiksduur van het instrument. Raadpleeg de Illumina Proactive technische handleiding (documentnr. 1000000052503) voor meer informatie over de voordelen van deze service. - Pagina 56 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Selecteer een beeldbestandstype voor opgeslagen beelden. Het standaard bestandstype voor beelden is JPG. Selecteer een uitvoerbestandstype voor scangegevens. Het standaard bestandstype voor uitvoer is GTC only (alleen GTC). Selecteer Save (Opslaan). Specificeer vanuit het Scan Map-scherm het volledige pad naar het manifestbestand en clusterbestand voor elk BeadChip-type.
- Pagina 57 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
-
Pagina 58: Bijlage B Realtime Analyse
Workflow Real-Time Analysis Overzicht Real-Time Analysis Het NextSeq 550Dx-instrument gebruikt een Real-Time Analysis (RTA)-software-implementatie genaamd RTA2. RTA2 wordt uitgevoerd op de instrumentcomputer en extraheert intensiteiten van beelden, voert een basebepaling uit en wijst een kwaliteitsscore toe aan de basebepaling. RTA2 en de besturingssoftware communiceren via een webgebaseerde HTTP-interface en gedeelde geheugenbestanden. -
Pagina 59: Foutafhandeling
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Foutafhandeling RTA2 maakt logboekbestanden en schrijft deze naar de RTALogs-map. Fouten worden geregistreerd in een foutenbestand in *.tsv-bestandsindeling. De volgende log- en foutenbestanden worden na afloop van de bewerking naar de definitieve uitvoerbestemming verzonden: *GlobalLog*.tsv bevat een samenvatting van de belangrijke rungebeurtenissen. *LaneNLog*.tsv bevat een lijst van verwerkingsgebeurtenissen voor elke baan. -
Pagina 60: Faseringscorrectie
Basebepaling bepaalt een base (A, C, G of T) voor elk cluster van een bepaalde tegel in een specifieke cyclus. Het NextSeq 550Dx-instrument maakt gebruik van sequencing met 2 kanalen, waardoor slechts 2 beelden nodig zijn om de gegevens voor 4 DNA-basen te coderen, 1 van het rode kanaal en 1 van het groene kanaal. -
Pagina 61: Doorlaatfilter Voor Clusters
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Tabel 1 Basebepalingen in tweekanaalsequencing Base Rood kanaal Groen kanaal Resultaat 1 (aan) 1 (aan) Clusters die intensiteit in zowel het rode als het groene kanaal vertonen. 1 (aan) 0 (uit) Clusters die alleen intensiteit in het rode kanaal vertonen. 0 (uit) 0 (uit) Clusters die geen intensiteit vertonen op een bekende clusterlocatie. - Pagina 62 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument OPMERKING De kwaliteitsscore is gebaseerd op een aangepaste versie van het Phred-algoritme. Voor de kwaliteitsscore wordt voor elke basebepaling een set voorspellers berekend en worden vervolgens de voorspellende waarden gebruikt om de Q-score in een kwaliteitstabel op te zoeken. De kwaliteitstabellen zijn opgesteld om optimaal nauwkeurige kwaliteitsvoorspellingen te doen voor runs die zijn gegenereerd door middel van een specifieke configuratie van sequentiëringplatform en chemieversie.
- Pagina 63 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
-
Pagina 64: Bijlage C Uitvoerbestanden En -Mappen
Bijlage C Uitvoerbestanden en -mappen Sequencinguitvoerbestanden Structuur uitvoermap Uitvoerbestanden scannen Structuur van de uitvoermap voor scans Sequencinguitvoerbestanden Bestandstype Bestandsbeschrijving, locatie en naam Basebepalingsbestand Elke geanalyseerde tegel wordt opgenomen in een basebepalingsbestand, samengevoegd in 1 bestand voor elke baan, voor elke cyclus. Het samengevoegde bestand bevat de basebepaling en de gecodeerde kwaliteitsscore voor elke cluster van die baan. -
Pagina 65: Nummering Banen
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Tabel 2 Stroomceltegels Hoge Stroomcelonderdelen Omschrijving uitvoer Banen Een baan is een fysiek kanaal met specifieke in- en uitvoerpoorten. Oppervlakken De stroomcel wordt afgebeeld op 2 oppervlakken, op de boven- en onderkant. De bovenkant van 1 tegel wordt afgebeeld, vervolgens wordt de onderkant van dezelfde tegel afgebeeld alvorens naar de volgende tegel te gaan. -
Pagina 66: Cameranummering
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Cameranummering Het NextSeq 550Dx-instrument gebruikt 6 camera's om de stroomcel af te beelden. Camera's zijn genummerd van 1 tot 6. De camera's 1 tot 3 maken beelden van baan 1. De camera's 4 tot 6 maken beelden van baan 3. Nadat de banen 1 en 3 zijn afgebeeld, verplaatst de beeldvormingsmodule zich op de X-as om de banen 2 en 4 af te beelden. -
Pagina 67: Structuur Uitvoermap
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Structuur uitvoermap De besturingssoftware genereert automatisch de naam voor het uitvoerbestand. Gegevens Intensiteiten BaseCalls L001 – Basebepalingsbestanden voor baan 1, samengevoegd in 1 bestand per cyclus. L002 – Basebepalingsbestanden voor baan 2, samengevoegd in 1 bestand per cyclus. L003 –... - Pagina 68 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Uitvoerbestanden scannen Bestandstype Bestandsbeschrijving, locatie en naam GTC-bestanden Genotypebepalingsbestand. Er wordt een GTC-bestand gegenereerd voor elk monster dat op de BeadChip wordt gescand. De bestandsnaam bevat de gescande barcode en het gescande monster. [barcode]_[monster].gtc Beeldbestanden De naam die aan beeldbestanden wordt gegeven is afhankelijk van het gebied dat op de BeadChip wordt gescand.
- Pagina 69 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
- Pagina 70 Index clusters die de filter passeren 56 compatibiliteit aan-uitknop 4, 9 RFID-tracking 7 aan-uitschakelaar 9 RFID tracking 5 adapter stroomcel, reagenscartridge 5 BeadChip laden 29 componenten BeadChip oriëntatie 27 beeldvormingscompartiment 3 overzicht 5 buffercompartiment 3 analyse reagenscompartiment 3 uitvoerbestanden 59 statusbalk 3 analyse, primair components...
- Pagina 71 1 herstarten 39 natriumhypochloriet, wassen 33-34 het instrument uitschakelen 39 nummering banen 60 hulp, technisch 69 nummering stroken 60 nummering tegels 61 Illumina Proactive-bewakingsservice 49 indexeringsoverwegingen 56 onderhoud instrument instrument verbruiksartikelen 12 aan-uitknop 4 onderhoud, preventief 33 avatar 10...
- Pagina 72 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument stroomcel banenparen 6 beeldvorming 61 RAID-foutmelding 48 nummering banen 60 reagenscartridge nummering stroken 60 overzicht 7 nummering tegels 61 reservoir #28 33 overzicht 6 reservoir nr. 28 34 rehybridisatie 44 reservoir nr. 6 20 reinigen 15 reagenscompartiment 3 tegels 59 reagentia uitlijnpennetjes 16...
- Pagina 73 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Windows afsluiten 40 workflow BaseSpace-modus 21 BaseSpace aanmelden 16 BeadChip 29 buffercartridge 19 geavanceerde laadoptie 11 gebruikte reagentia 17 indexeringsoverwegingen 56 natriumhypochloriet 33-34 overview 14, 26 pre-runcontrole 22, 29 reagenscartridge 19 runduur 13-14 runmeetgegevens 23 sequencing 54 standalone-modus 21 stroomcel 16 stroomcel prepareren 15...
-
Pagina 74: Technische Ondersteuning
Zwitserland +41 565800000 +41 800200442 Overige landen +44 1799 534 000 Veiligheidsinformatiebladen (SDS, safety data sheets) — zijn verkrijgbaar op de website van Illumina via support.illumina.com/sds.html. Productdocumentatie – beschikbaar voor downloaden in pdf-vorm via support.illumina.com. Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. - Pagina 75 Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument Documentnr.1000000041922 v03 NLD Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
-
Pagina 76: Documentnr.1000000041922 V03 Nld
Documentnr.1000000041922 v03 NLD Illumina 5200 Illumina Way San Diego, Californië 92122 VS +1 800 809 ILMN (4566) +1 858 202 4566 (buiten Noord-Amerika) techsupport@illumina.com www.illumina.com Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden. Niet voor gebruik in diagnostische procedures. © 2021 Illumina, Inc. Alle rechten voorbehouden.