Sequencing; Inleiding - illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (76 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument
Sequencing
Inleiding
Om een sequencing-run op de NextSeq 550Dx-instrument uit te voeren, bereidt u een reagenscartridge
en stroomcel voor, en volgt u vervolgens de aanwijzingen van de software om de run in te stellen en te
starten. Clustervorming en sequencing worden op het instrument uitgevoerd. Na de run wordt
automatisch begonnen met het wassen van het instrument, met behulp van onderdelen die al in het
instrument zijn geladen.
Genereren van clusters
Tijdens het genereren van een cluster worden enkele DNA-moleculen aan het oppervlak van de
stroomcel gebonden en vervolgens geamplificeerd tot ze clusters vormen.
Sequencing
Clusters worden afgebeeld met behulp van tweekanaalssequencingchemie en filtercombinaties
specifiek voor elk van de fluorescent gelabelde nucleotiden. Nadat de beeldvorming van een tegel op
de stroomcel is voltooid, wordt de volgende tegel in beeld gebracht. Het proces wordt voor elke
sequencingcyclus herhaald. Na de beeldanalyse voert de software basebepaling, filtering en
kwaliteitsscorebepaling uit.
Analyse
Naarmate de run vordert zal de besturingssoftware automatisch basebepalingsbestanden (BCL) naar
de aangegeven uitvoerlocatie versturen voor secundaire analyse.
Duur sequencing-run
De duur van de sequencing-run is afhankelijk van het aantal cycli dat is uitgevoerd. De maximale
runlengte is een paired-end run van 150 cycli bij elke bepaling (2 x 150), plus tot wel 8 cycli elk voor 2
indexbepalingen.
Aantal cycli in een bepaling
Bij een sequencing-run is het aantal cycli dat wordt uitgevoerd in een bepaling 1 cyclus meer dan het
aantal geanalyseerde cycli. Voorbeeld: een paired-end run van 150 cycli voert bepalingen van 151 cycli
uit (2 x 151) met in totaal 302 cycli. Aan het eind van de run worden 2 x 150 cycli geanalyseerd. De extra
cyclus dient voor faserings- en prefaseringsberekeningen.
Documentnr. 1000000009513 v08
VOOR GEBRUIK BIJ IN-VITRODIAGNOSTIEK.
28
Advertenties
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
