Een Sjabloon Maken; Registratie En Extractie Intensiteit; Faseringscorrectie - illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (76 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument
Basebepaling
Kwaliteitsscore
Een sjabloon maken
De eerste stap in de RTA-workflow is het maken van een sjabloon, waarin de positie van elk cluster in
een tegel wordt gedefinieerd met behulp van X- en Y-coördinaten.
Het maken van een sjabloon vereist beeldgegevens van de eerste 5 cycli van de run. Nadat de laatste
sjablooncyclus voor een tegel is afgebeeld, wordt het sjabloon gegenereerd.
OPMERKING
Om een cluster te kunnen detecteren tijdens het maken van een sjabloon, moet er
ten minste 1 base anders dan G in de eerste 5 cycli zitten. Voor eventuele
indexsequenties heeft RTA2 ten minste 1 base anders dan G nodig in de eerste 2
cycli.
Het sjabloon wordt gebruikt als een referentie voor de volgende stap van de registratie en extractie van
intensiteit. Clusterposities voor de volledige stroomcel worden naar clusterlocatiebestanden (*.locs)
geschreven, 1 bestand voor elke baan.
Registratie en extractie intensiteit
Registratie en extractie intensiteit start na het maken van een sjabloon.
Door registratie worden de beelden die tijdens elke volgende beeldvormingscyclus worden
•
geproduceerd, uitgelijnd met het sjabloon.
Extractie intensiteit bepaalt een intensiteitswaarde voor elk cluster in het sjabloon voor een bepaald
•
beeld.
Als de registratie van een van de beelden in een cyclus mislukt, worden er geen basebepalingen
gegenereerd voor die tegel in die cyclus.
Faseringscorrectie
Tijdens de sequencingreactie wordt elke DNA-streng in een cluster uitgebreid met 1 base per cyclus. Er
is sprake van fasering en prefasering wanneer een streng tijdens de huidige opnamecyclus in de
interfase komt.
•
Er is sprake van fasering wanneer een base achterblijft.
Er is sprake van prefasering wanneer een base vooruitloopt.
•
Documentnr. 1000000009513 v08
VOOR GEBRUIK BIJ IN-VITRODIAGNOSTIEK.
Bepaalt een basebepaling voor elke cluster.
Wijst een kwaliteitsscore toe aan elke basebepaling.
71
Advertenties
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
