illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids pagina 68
Onderzoeksmodus
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (92 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument
Uitvoerbestanden scannen
Bestandstype
GTC-bestanden
Beeldbestanden
Structuur van de uitvoermap voor scans
[Datum]_[Instrumentnaam]_[Scan#]_[Barcode]
[Barcode]
Config
Effective.cfg - Registreert de configuratie-instellingen die tijdens de scan worden gebruikt.
Focus - Bevat beeldbestanden die worden gebruikt om de scan te focussen.
Logs - Bevat logbestanden die elke stap vastleggen die tijdens de scan wordt uitgevoerd.
PreScanDiagnoseBestanden
[Datum_Tijd] Barcodescan
ProcessedBarcode.jpg - Afbeelding van de BeadChip-barcode.
Scandiagnostiek (logbestanden)
PreScanChecks.csv - Registreert resultaten van de automatische controle.
GTC-bestanden - Genotypebepalingsbestanden (1 bestand per monster).
IDAT-bestanden - [Optioneel] Intensiteitsgegevensbestanden (2 bestanden per monster;
1 per kanaal).
Beeldbestanden - Scanbeelden voor elk(e) monster, sectie, strook, camera, tegel en kanaal.
[Barcode]_sample_metrics.csv
[Barcode]_section_metrics.csv
ScanParameters.xml
Documentnr.1000000041922 v03 NLD
Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden.
Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
Bestandsbeschrijving, locatie en naam
Genotypebepalingsbestand. Er wordt een GTC-bestand gegenereerd voor elk monster dat
op de BeadChip wordt gescand. De bestandsnaam bevat de gescande barcode en het
gescande monster.
[barcode]_[monster].gtc
De naam die aan beeldbestanden wordt gegeven is afhankelijk van het gebied dat op de
BeadChip wordt gescand. De naam bevat de barcode, monster en sectie op de BeadChip,
strook en het beeldvormingskanaal (rood of groen).
[barcode]_[monster]_[sectie]_[strook]_[camera]_[tegel]_[kanaal].jpg
• Barcode - De bestandsnaam begint met de BeadChip-barcode.
• Monster - Een gebied van de BeadChip, genummerd als een rij (R0X), van boven naar
beneden, en kolom (C0X) van links naar rechts.
• Sectie - Een genummerde rij in het monster.
• Strook - BeadChips worden weergegeven als een verzameling van overlappende tegels.
Daarom wordt slechts 1 strook gebruikt voor beeldvorming van de sectie.
• Camera - De camera die is gebruikt om het beeld te verzamelen.
• Tegel - Een beeldvormingsgebied dat door de camera is gedefinieerd als het blikveld.
• Kanaal - Een kanaal is of rood of groen.
63
Advertenties
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
