Hoofdstuk 3 Sequencing; Inleiding - illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Onderzoeksmodus
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (92 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Hoofdstuk 3 Sequencing
Inleiding
Workflow sequencing
De reagenscartridge prepareren
De stroomcel prepareren
Bibliotheken voorbereiden voor sequencing
Een sequencing-run instellen
De voortgang van de run bewaken
Automatische wassing na de run
Inleiding
Om een sequencing-run op het NextSeq 550Dx-instrument uit te voeren, bereidt u een reagenscartridge
en stroomcel voor, en volgt u vervolgens de aanwijzingen van de software om de run in te stellen en te
starten. Clustervorming en sequencing worden op het instrument uitgevoerd. Na de run wordt
automatisch begonnen met het wassen van het instrument, met behulp van onderdelen die al in het
instrument zijn geladen.
Genereren van cluster
Tijdens het genereren van een cluster worden enkele DNA-moleculen aan het oppervlak van de stroomcel
gebonden en vervolgens geamplificeerd tot ze clusters vormen.
Sequencing
Clusters worden afgebeeld met behulp van tweekanaalssequencingchemie en filtercombinaties specifiek
voor elk van de fluorescent gelabelde nucleotiden. Nadat de beeldvorming van een tegel op de stroomcel
is voltooid, wordt de volgende tegel in beeld gebracht. Het proces wordt voor elke sequencing-cyclus
herhaald. Na de beeldanalyse voert de software basebepaling, filtering en kwaliteitsscorebepaling uit.
Analyse
Naarmate de run vordert zal de besturingssoftware automatisch basebepalingsbestanden (BCL) naar de
aangegeven uitvoerlocatie versturen voor secundaire analyse.
Duur sequencing-run
De duur van de sequencing-run is afhankelijk van het aantal cycli dat wordt uitgevoerd. De maximale
runlengte is een paired-end run van 150 cycli bij elke bepaling (2 x 150), plus tot wel 8 cycli elk voor 2
indexbepalingen.
Aantal cycli in een bepaling
Bij een sequencing-run is het aantal cycli dat wordt uitgevoerd in een bepaling 1 cyclus meer dan het
aantal geanalyseerde cycli. Voorbeeld: een paired-end run van 150 cycli voert bepalingen van 151 cycli uit
(2 x 151) met in totaal 302 cycli. Aan het eind van de run worden 2 x 150 cycli geanalyseerd. De extra
cyclus dient voor faserings- en voorfaseringsberekeningen.
Documentnr.1000000041922 v03 NLD
Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden.
Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
13
14
14
15
15
16
23
24
13
Advertenties
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
