Bijlage C Uitvoerbestanden En -Mappen; Stroomceltegels - illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Onderzoeksmodus
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (92 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Bijlage C Uitvoerbestanden en -mappen
Sequencinguitvoerbestanden
Structuur uitvoermap
Uitvoerbestanden scannen
Structuur van de uitvoermap voor scans
Sequencinguitvoerbestanden
Bestandstype
Basebepalingsbestand
Indexbestand
basebepaling
Clusterlocatiebestanden
Filterbestanden
InterOp-bestanden
RTA-configuratiebestand
Runinformatiebestand
Stroomceltegels
Tegels zijn kleine beeldvormingsgebieden op de stroomcel die door de camera worden gedefinieerd als
het blikveld. Het totale aantal tegels is afhankelijk van het aantal banen, stroken en oppervlakken dat
wordt weergegeven op de stroomcel, en hoe de camera's samenwerken om de beelden te verzamelen.
Stroomcellen met een hoge uitvoer bestaan uit in totaal 864 tegels.
Documentnr.1000000041922 v03 NLD
Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden.
Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
Bestandsbeschrijving, locatie en naam
Elke geanalyseerde tegel wordt opgenomen in een basebepalingsbestand, samengevoegd in
1 bestand voor elke baan, voor elke cyclus. Het samengevoegde bestand bevat de
basebepaling en de gecodeerde kwaliteitsscore voor elke cluster van die baan.
Gegevens\intensiteiten\Basebepalingen\L00[X]
map opgeslagen.
[Cycle].bcl.bgzf, waarbij [Cycle] het cyclusnummer in 4 cijfers weergeeft.
Basebepalingsbestanden worden gecomprimeerd met een block gzip-compressie.
Een binair indexbestand vermeldt voor elke baan de oorspronkelijke tegelinformatie in een
paar waarden voor elke tegel, namelijk het tegelnummer en het aantal clusters voor de tegel.
De indexbestanden van de basebepalingen worden aangemaakt wanneer voor het eerst een
basebepalingsbestand voor die baan wordt aangemaakt.
Gegevens\intensiteiten\Basebepalingen\L00[X]
map opgeslagen.
s_[Lane].bci
Bij elke tegel worden de XY-coördinaten voor elk cluster samengevoegd in 1
clusterlocatiebestand voor elke baan. Clusterlocatiebestanden zijn het resultaat van het
maken van een sjabloon.
Gegevens\intensiteiten\L00[X]
s_[lane].locs
Het filterbestand specificeert of een cluster filters is gepasseerd. Filterinformatie wordt
samengevoegd in 1 filterbestand voor elke baan en bepaling.
Filterbestanden worden bij cyclus 26 gegenereerd op basis van gegevens van 25 cycli.
Gegevens\intensiteiten\Basebepalingen\L00[X]
map opgeslagen.
s_[lane].filter
Binaire rapportbestanden. InterOp-bestanden worden gedurende de run bijgewerkt.
InterOp-map
Het RTA-configuratiebestand, dat aan het begin van de run wordt aangemaakt, bevat de
instellingen voor de run.
[Root-map],
RTAConfiguration.xml
Vermeldt de runnaam, het aantal cycli in elke bepaling, of de bepaling een indexbepaling is,
alsmede het aantal stroken en tegels op de stroomcel. Het runinfobestand wordt aangemaakt
aan het begin van de run.
[Root
folder],
RunInfo.xml
– De bestanden worden voor elke baan in 1
– De bestanden worden voor elke baan in 1
– De bestanden worden voor elke baan in 1 map opgeslagen.
– De bestanden worden voor elke baan in 1
59
62
63
63
59
Advertenties
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
