Hoofdstuk 4 Scannen; Inleiding; Bestanddecoderingsclient; Manifestbestanden En Clusterbestanden - illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Onderzoeksmodus
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (92 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Hoofdstuk 4 Scannen
Inleiding
Scanworkflow
De DMAP-map downloaden
Laad de BeadChip op de adapter
Een scan instellen
De voortgang van de scan bewaken
Inleiding
Om een scan uit te voeren op het NextSeq 550Dx-instrument, hebt u de volgende runonderdelen nodig:
een gehybridiseerde en bevlekte BeadChip;
u
de herbruikbare BeadChip-adapter;
u
DMAP-bestanden (Decode Map) voor de BeadChip die u gebruikt;
u
een manifestbestand voor het type BeadChip dat u gebruikt;
u
een clusterbestand voor het type BeadChip dat u gebruikt.
u
Uitvoerbestanden worden gegenereerd tijdens de scan en in een wachtrij voor overdracht naar de
gespecificeerde uitvoermap geplaatst.
Voer een analyse met de BlueFuse Multi-software uit, wat vereist dat scangegevens in een
genotypebepaling (GTC)-bestandsindeling beschikbaar zijn. Standaard genereert het NextSeq 550Dx-
instrument genormaliseerde gegevens en geassocieerde genotypebepalingen in een GTC-
bestandsindeling. Optioneel kunt u het instrument configureren om aanvullende IDAT-bestanden intensity
data (intensiteitsgegevens) te genereren. Raadpleeg
informatie.
Bestanddecoderingsclient
De DMAP-map bevat informatie die de bead-locaties identificeert op de BeadChip en het met elke bead
geassocieerde signaal kwantificeert. Een DMAP-map is uniek voor elke BeadChip-barcode.
Met het hulpprogramma Bestanddecoderingsclient kunt u DMAP-mappen rechtstreeks van de Illumina-
servers downloaden via het standaard HTTP-protocol.
Voor toegang tot de Decode File Client (Bestanddecoderingsclient) gaat u naar de
ondersteuningspagina
op de Illumina-website (support.illumina.com/array/array_software/decode_file_
client/downloads.html). Installeer de Bestanddecoderingsclient op een computer met toegang tot de
netwerklocatie van de DMAP-map.
Raadpleeg
De DMAP-map downloaden op pagina 26
Manifestbestanden en clusterbestanden
Voor elke BeadChip vereist de software toegang tot een manifestbestand en een clusterbestand.
Elk manifest- en clusterbestand is uniek voor een BeadChip-type. Zorg ervoor dat u clusterbestanden
gebruikt met NS550 in de bestandsnaam. Deze bestanden zijn compatibel met het NextSeq 550Dx-
systeem.
Manifestbestand – manifestbestanden beschrijven de SNP of sonde-inhoud op een BeadChip.
u
Manifestbestanden gebruiken de *.bpm-bestandsindeling.
Documentnr.1000000041922 v03 NLD
Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden.
Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
BeadChip-scanconfiguratie op pagina 50
voor meer informatie.
25
26
26
27
28
30
voor meer
Decode File Client
25
Advertenties
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
