Foutafhandeling; Workflow Real-Time Analysis; Een Sjabloon Maken; Registratie En Extractie Intensiteit - illumina NextSeq 550Dx Referentie Gids
Onderzoeksmodus
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (92 pagina's) ,
- Gebruiksaanwijzing (78 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Referentiegids onderzoeksmodus NextSeq 550Dx-instrument
Foutafhandeling
RTA2 maakt logboekbestanden en schrijft deze naar de RTALogs-map. Fouten worden geregistreerd in
een foutenbestand in *.tsv-bestandsindeling.
De volgende log- en foutenbestanden worden na afloop van de bewerking naar de definitieve
uitvoerbestemming verzonden:
*GlobalLog*.tsv bevat een samenvatting van de belangrijke rungebeurtenissen.
u
*LaneNLog*.tsv bevat een lijst van verwerkingsgebeurtenissen voor elke baan.
u
*Error*.tsv bevat de fouten die tijdens een run zijn opgetreden.
u
*WarningLog*.tsv bevat de waarschuwingen die tijdens een run zijn opgetreden.
u
Workflow Real-Time Analysis
Een sjabloon maken
Registratie en extractie
intensiteit
Faseringscorrectie
Basebepaling
Kwaliteitsscore
Een sjabloon maken
De eerste stap in de RTA-workflow is het maken van een sjabloon, waarin de positie van elk cluster in een
tegel wordt gedefinieerd met behulp van X- en Y-coördinaten.
Het maken van een sjabloon vereist beeldgegevens van de eerste 5 cycli van de run. Nadat de laatste
sjablooncyclus voor een tegel is afgebeeld, wordt het sjabloon gegenereerd.
OPMERKING Om een cluster te kunnen detecteren tijdens het maken van een sjabloon, moet er ten minste 1
base anders dan G in de eerste 5 cycli zitten. Voor eventuele indexsequenties heeft RTA2 ten minste 1 base
anders dan G nodig in de eerste 2 cycli.
Het sjabloon wordt gebruikt als een referentie voor de volgende stap van de registratie en extractie van
intensiteit. Clusterposities voor de volledige stroomcel worden naar clusterlocatiebestanden (*.locs)
geschreven, 1 bestand voor elke baan.
Registratie en extractie intensiteit
Registratie en extractie intensiteit start na het maken van een sjabloon.
Door registratie worden de beelden die tijdens elke volgende beeldvormingscyclus worden
u
geproduceerd, uitgelijnd met het sjabloon.
Extractie intensiteit bepaalt een intensiteitswaarde voor elk cluster in het sjabloon voor een bepaald
u
beeld.
Als de registratie van een van de beelden in een cyclus mislukt, worden er geen basebepalingen
gegenereerd voor die tegel in die cyclus.
Documentnr.1000000041922 v03 NLD
Uitsluitend bedoeld voor onderzoeksdoeleinden.
Niet voor gebruik in diagnostische procedures.
Brengt clusterlocaties in kaart.
Registreert de locatie van elk cluster op de stroomcel en bepaalt een intensiteitswaarde voor elk
cluster.
Corrigeert de effecten van fasering en prefasering.
Bepaalt een basebepaling voor elke cluster.
Wijst een kwaliteitsscore toe aan elke basebepaling.
54
Advertenties
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
