Doorlaatfilter Voor Clusters; Indexeringsoverwegingen - illumina NextSeq 550Dx Gebruiksaanwijzing
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (76 pagina's) ,
- Referentie gids (92 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Referentiegids van het NextSeq 550Dx-instrument
Tabel 1 Basebepalingen in tweekanaalssequencing
Ro o d
Base
kanaal
A
1 (aan)
C
1 (aan)
G
0 (uit)
T
0 (uit)
Doorlaatfilter voor clusters
Tijdens de run filtert RTA2 onbewerkte gegevens om bepalingen die niet voldoen aan de
gegevenskwaliteitsdrempel te verwijderen. Overlappende clusters en clusters van slechte kwaliteit worden
verwijderd.
Bij 2-kanaalsanalyse maakt RTA2 gebruik van een systeem op basis van populaties om de zuiverheid van
een basebepaling vast te stellen. De clusters passeren het filter (PF) als er niet meer dan 1 basebepaling in de
eerste 25 cycli een zuiverheid van <0,63 heeft. Clusters die het filter niet passeren, zijn niet basebepaald.
Indexeringsoverwegingen
De procedure voor basebepaling-indexbepalingen is anders dan voor basebepaling tijdens andere
bepalingen.
Indexbepalingen moeten beginnen met ten minste 1 base anders dan G in een van de eerste 2 cycli. Als een
indexbepaling begint met 2 basebepalingen van G, wordt er geen signaalintensiteit gegenereerd. Er moet
een signaal aanwezig zijn in één van de eerste 2 cycli om demultiplexprestatie te garanderen.
Om de kracht van demultiplexing te vergroten, moet u indexsequenties selecteren die signaal bieden in ten
minste 1 kanaal, bij voorkeur beide kanalen, voor elke cyclus. Door deze richtlijn te volgen worden
indexcombinaties vermeden die resulteren in uitsluitend G-basen in een cyclus.
Rood kanaal: A of C
u
Groen kanaal: A of T
u
Dit basebepalingsproces garandeert nauwkeurigheid bij het analyseren van low-plexmonsters.
Kwaliteitsscore
Een kwaliteitsscore, of Q-score, is een voorspelling van de kans op een onjuiste basebepaling. Een hogere
Q-score duidt erop dat een basebepaling van een hogere kwaliteit is en daardoor waarschijnlijk juist is.
De Q-score is een compacte manier om een kleine kans op fouten te communiceren. Kwaliteitsscores
worden vermeld als Q(X), waarbij X de score is. De volgende tabel toont de relatie tussen de kwaliteitsscore
en de foutenkans.
Q-sco re Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
OPMERKING De kwaliteitsscore is gebaseerd op een aangepaste versie van het Phred-algoritme.
Documentnr. 1000000009513 v07 NLD
BESTEMD VOOR IN-VITRODIAGNOSTIEK
Gro en
Resultaat
kanaal
1 (aan)
Clusters die intensiteit in zowel het rode als het groene kanaal vertonen.
0 (uit)
Clusters die alleen intensiteit in het rode kanaal vertonen.
0 (uit)
Clusters die geen intensiteit vertonen op een bekende clusterlocatie.
1 (aan)
Clusters die alleen intensiteit in het groene kanaal vertonen.
Fo utenkans
0,0001 (1 op 10.000)
0,001 (1 op 1.000)
0,01 (1 op 100)
0,1 (1 op 10)
61
Advertenties
Hoofdstukken
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
