Bijlage C Realtime Analyse - illumina NextSeq 550Dx Gebruiksaanwijzing
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (76 pagina's) ,
- Referentie gids (92 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Bijlage C Realtime analyse
Overzicht Real-Time Analysis
Workflow Real-Time Analysis
Overzicht Real-Time Analysis
Het NextSeq 550Dx-instrument gebruikt een Real-Time Analysis (RTA)-software-implementatie genaamd
RTA2. RTA2 wordt uitgevoerd op de instrumentcomputer en extraheert intensiteiten van beelden, voert een
basebepaling uit en wijst een kwaliteitsscore toe aan de basebepaling. RTA2 en de besturingssoftware
communiceren via een webgebaseerde HTTP-interface en gedeelde geheugenbestanden. Wanneer RTA2
wordt beëindigd, wordt de verwerking niet hervat en worden de rungegevens niet opgeslagen.
RTA2-invoer
RTA2 heeft de volgende invoer nodig voor verwerking:
Tegelbeelden in een lokaal systeemgeheugen.
u
RunInfo.xml
dat automatisch aan het begin van de run wordt gegenereerd, bepaalt de runnaam, het
u
aantal cycli, of er een bepaling is geïndexeerd en het aantal tegels op de stroomcel.
RTA.exe.config, een softwareconfiguratiebestand in XML-opmaak.
u
RTA2 ontvangt opdrachten van de besturingssoftware over de locatie van
uitvoermap is opgegeven.
RTA2-uitvoerbestanden
Beelden voor elk kanaal worden in het geheugen
beeldvormingsgebieden op de stroomcel die door de camera worden gedefinieerd als het blikveld. Op basis
van deze beelden produceert de software uitvoer als een set op kwaliteit beoordeelde
basebepalingsbestanden en filterbestanden. Alle andere bestanden zijn ondersteunende uitvoerbestanden.
Bestandstype
Basebepalingsbestand
Filterbestanden
Clusterlocatiebestanden
Indexbestanden
basebepaling
RTA2 biedt realtime meetwaarden van runkwaliteit, opgeslagen als InterOp-bestanden. InterOp-bestanden
zijn een binaire uitvoer die meetwaarden van tegels, cycli en leesniveaus bevatten.
Foutafhandeling
RTA2 maakt logboekbestanden en schrijft deze naar de RTALogs-map. Fouten worden geregistreerd in een
foutenbestand in *.tsv-bestandsindeling.
Documentnr. 1000000009513 v07 NLD
BESTEMD VOOR IN-VITRODIAGNOSTIEK
Om schrijving
Elke tegel die geanalyseerd wordt, wordt opgenomen in een samengevoegd
basebepalingsbestand (*.bcl.bgzf) voor elke baan en voor elke cyclus. Het samengevoegde
basebepalingsbestand bevat de basebepaling en de bijbehorende kwaliteitsscore voor elk
cluster in die baan.
Elke tegel produceert filterinformatie die wordt samengevoegd in 1 filterbestand (*.filter) voor
elke baan. Het filterbestand specificeert of een cluster filters passeert.
Clusterlocatie (*.locs)-bestanden bevatten de X- en Y-coördinaten voor elke cluster in een
tegel. Tijdens het genereren van een sjabloon wordt voor elke baan een
clusterlocatiebestand gegenereerd.
Voor elke baan wordt een indexbestand basebepaling (*.bci) geproduceerd waarin de
oorspronkelijke tegelinformatie wordt bewaard. Het indexbestand bevat een paar waarden
voor elke tegel, namelijk het tegelnummer en het aantal clusters voor die tegel.
aangegeven
als tegels. Tegels zijn kleine
RunInfo.xml
en of er een mogelijke
58
59
58
Advertenties
Hoofdstukken
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
