Hoofdstuk 4 Sequencing; Inleiding; Documentnr. 1000000009513 V07 Nld - illumina NextSeq 550Dx Gebruiksaanwijzing
Verberg thumbnails
Zie ook voor NextSeq 550Dx:
- Referentie gids (76 pagina's) ,
- Referentie gids (92 pagina's)
Inhoudsopgave
Advertenties
Hoofdstuk 4 Sequencing
Inleiding
Om een sequencing-run op het NextSeq 550Dx-instrument uit te voeren, bereidt u een reagenscartridge en
stroomcel voor, en volgt u vervolgens de aanwijzingen van de software om de run in te stellen en te starten.
Clustervorming en sequencing worden op het instrument uitgevoerd. Na de run wordt automatisch begonnen
met het wassen van het instrument, met behulp van onderdelen die al in het instrument zijn geladen.
Genereren van cluster
Tijdens het genereren van een cluster worden enkele DNA-moleculen aan het oppervlak van de stroomcel
gebonden en vervolgens geamplificeerd tot ze clusters vormen.
Sequencing
Clusters worden afgebeeld met behulp van tweekanaalssequencingchemie en filtercombinaties specifiek
voor elk van de fluorescent gelabelde nucleotiden. Nadat de beeldvorming van een tegel op de stroomcel is
voltooid, wordt de volgende tegel in beeld gebracht. Het proces wordt voor elke sequencing-cyclus
herhaald. Na de beeldanalyse voert de software basebepaling, filtering en kwaliteitsscorebepaling uit.
Analyse
Naarmate de run vordert zal de besturingssoftware automatisch basebepalingsbestanden (BCL) naar de
aangegeven uitvoerlocatie versturen voor secundaire analyse.
Duur sequencing-run
De duur van de sequencing-run is afhankelijk van het aantal cycli dat wordt uitgevoerd. De maximale
indexbepalingen.
Aantal cycli in een bepaling
Bij een sequencing-run is het aantal cycli dat wordt uitgevoerd in een bepaling 1 cyclus meer dan het aantal
geanalyseerde cycli. Voorbeeld: een paired-end run van 150 cycli voert bepalingen van 151 cycli uit (2 x 151)
met in totaal 302 cycli. Aan het eind van de run worden 2 x 150 cycli geanalyseerd. De extra cyclus dient voor
faserings- en prefaseringsberekeningen.
BESTEMD VOOR IN-VITRODIAGNOSTIEK
24
25
25
26
26
26
27
27
32
34
36
37
38
24
Advertenties
Hoofdstukken
Inhoudsopgave
Probleemoplossen
