Inhoudsopgave
Advertenties
Gebruikershandleiding voor toepassing DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx on NextSeq 550Dx
Instellingen
Om DRAGEN for IDPE Dx toepassingsinstellingen te bekijken of te wijzigen, selecteert u eerst het
pictogram Toepassingen op het hoofdscherm. Selecteer vervolgens de toepassing die u wilt bekijken of
wijzigen. Een beheerdersaccount is vereist om instellingen te wijzigen.
Configuratie
Het configuratiescherm toont de volgende toepassingsinstellingen:
•
Library Prep Kits (Bibliotheekvoorbereidingsets): Geeft de standaard bibliotheekvoorbereidingskit
voor de app weer. Deze instelling kan niet worden gewijzigd.
•
Index Adapter Kits (Indexadapterkits): Geeft de standaard indexadapterkit voor de app weer. Deze
instelling kan niet worden gewijzigd.
•
Read lengths (Bepalingslengtes): Bepalingslengtes zijn standaard ingesteld op 151 voor de app,
maar kunnen tijdens het aanmaken van de run worden gewijzigd.
•
Manifest and Noise Files (Manifest- en ruisbestanden): Uploaden en wijzigen van instellingen voor
manifest- en ruisbestanden.
–
Selecteer Upload File (Bestand uploaden) om bestanden te uploaden voor gebruik bij analyses.
–
Selecteer het keuzerondje Default (Standaard) om het bestand als het
standaardmanifestbestand of standaardruisbestand in te stellen dat tijdens het maken van de
run wordt geselecteerd wanneer de toepassing is geselecteerd.
–
Schakel het selectievakje Enabled (Ingeschakeld) in om in te stellen dat het bestand tijdens het
maken van de run in het vervolgkeuzemenu wordt weergegeven.
Rechten
Gebruik de selectievakjes op het scherm Permissions (Machtigingen) om de gebruikerstoegang voor de
app te beheren.
Manifestbestand
Bij gebruik van DRAGEN for IDPE Dx is een manifestbestand vereist voor de volgende workflows:
•
FASTQ- en VCF-bestanden genereren voor een kiemlijnworkflow
•
FASTQ- en VCF-bestanden genereren voor een somatische workflow
Het manifestbestand is een door tabs gescheiden tekstbestand dat gebruik maakt van het BED-formaat
(*.bed), waarin de namen en locaties van de beoogde referentiegebieden worden gespecificeerd. Het
hoofdgedeelte van het manifestbestand is het gedeelte Regions (Regio's) en moet de volgende
gegevenskolommen bevatten:
Documentnr. 200025238 v00
VOOR GEBRUIK BIJ IN-VITRODIAGNOSTIEK.
8
Advertenties
Inhoudsopgave
