Inhoudsopgave
Advertenties
Gebruikershandleiding voor toepassing DRAGEN for Illumina DNA Prep with Enrichment Dx on NextSeq 550Dx
1.
Voer in het veld Sample ID (Monster-ID) een unieke identificatie voor het monster in.
2.
Gebruik Well Position (well-positie) (index A of index B) of Plate - Well Position (plaat - well-
positie) (index A&B) om de bijbehorende index voor de monsters te selecteren.
De velden i7 Index, Index 1, i5 Index en Index 2 worden automatisch ingevuld.
3.
[Optioneel]
Voer een bibliotheeknaam in.
4.
Voeg rijen toe en herhaal de stappen
toegevoegd. U kunt meerdere rijen tegelijk toevoegen door eerst het aantal rijen in te voeren dat u
wilt toevoegen en vervolgens het +-pictogram te selecteren. U kunt ook rijen verwijderen door het
vakje naast het rijnummer te selecteren en vervolgens op het prullenbakpictogram te klikken.
5.
Selecteer Next (Volgende).
Analyse-instellingen
1.
Selecteer de gewenste analyseworkflow:
• FASTQ-bestanden genereren
• FASTQ- en VCF-bestanden genereren voor een kiemlijnworkflow (manifestbestand vereist)
• FASTQ- en VCF-bestanden genereren voor een somatische workflow (manifestbestand vereist)
2.
[Optioneel]
Generate ORA compressed FASTQs (Genereren van ORA-gecomprimeerde FASTQ's)
is standaard ingeschakeld. FASTQ ORA-compressie comprimeert FASTQ-bestanden zonder verlies
tot 5x in vergelijking met fastq.gz. Schakel Generate ORA compressed FASTQs (ORA-
gecomprimeerde FASTQ-bestanden genereren) uit als ongecomprimeerde gegevens (fastq.gz) de
voorkeur hebben.
3.
Voor kiemlijn- en somatische workflows is een manifestbestand vereist. Gebruik het keuzemenu
Manifest File Selection (Manifestbestand selecteren) om een manifestbestand te selecteren. Het
manifest is een door tabs gescheiden BED-bestand (*.bed), waarin de namen en locaties van de
beoogde referentiegebieden worden gespecificeerd. Raadpleeg voor meer informatie
Manifestbestand op pagina
4.
[Optioneel]Gebruik voor somatische workflows het keuzemenu Noise File Selection (Ruisbestand
selecteren) om een systematisch ruisbestand te selecteren.
Voor het uitfilteren van systematische ruis kan een BED(*.bed.gz)-bestand met een
locatiespecifiek ruisniveau worden gespecificeerd. Raadpleeg voor meer informatie
(optioneel) op pagina
5.
Selecteer Next (Volgende).
Run Controleren
1.
Bekijk op het scherm Review (Controleren) de informatie voor Run Settings (Runinstellingen),
Sample Data (Monstergegevens) en Analysis Settings (Analyse-instellingen).
2.
Selecteer Save (Opslaan).
De run wordt opgeslagen op het tabblad Planned (Gepland) in het scherm Runs.
Documentnr. 200025238 v00
VOOR GEBRUIK BIJ IN-VITRODIAGNOSTIEK.
1-3
desgewenst totdat alle monsters aan de tabel zijn
8.
9.
Ruisfiltering
7
Advertenties
Inhoudsopgave
